標本抽出法 層化抽出法 (stratified sampling)
定義層化抽出法 (stratified sampling)とは大規模な母集団（＝全調査対象）に対して、以下の方法で行う標本抽出の手続きのことである。(1) 母集団をいくつかのグループ（＝層、stratum)に分割する。(2) 全ての層から無...
標本抽出法 標本抽出法 多段抽出法 (multistage sampling)
定義多段抽出法(multistage sampling)とは大規模な全調査対象に対して、以下の方法で行う標本抽出の手続きのことである。(1) 母集団をいくつかの集落(cluster)に分割する。(2) 分割された集落から、いくつかの集落を無...
標本抽出法 集落抽出法 (cluster sampling)
定義集落抽出法(cluster sampling)とは大規模な全調査対象に対して、以下の方法で行う標本抽出の手続きのことである。(1) 母集団をいくつかの集落(cluster)に分割する。(2) 分割された集落から、いくつかの集落を無作為抽...
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R言語 [R] 前方乗算方式 (pre-multiplication)
「係数(パラメータ) x 変数」の形でモデル式を記述する、モデル式の構文の１種。Rでは{lavaan}、{lm}、{lme4}、{psych}、{survival}など多くのパッケージで使用されている。
{lavaan} [R]{lavaan} summary() : lavaanのモデルを出力する
使用法summary(lavaanのfitオブジェクト,...)summary(object = "lavaan", header = TRUE, fit.measures=FALSE, estimates =TRUE, ci = FALS...
{lavaan} [R]{lavaan} cfa() : 確認的因子分析を実行する関数
説明lavaan::cfa() は確認的因子分析を実行する関数である。正確にはモデル式の全てをコントロール可能な低レベル関数であるlavaan:lavaan()のいくつかのパラメータを、通常の確認的因子分析で使用されるものに自動設定して使い...
{stats} [R] {stats} factanal() : R本体だけで探索的因子分析を実行できる関数
説明stats::factanal()は探索的因子分析を実行する関数である。対象となるデータは分散共分散行列あるいはデータ行列である。推定法は最尤推定法である。stats::factanal()の強み追加パッケージをインストールすることなく...
{psych} [R] {psych} descibe() : 記述統計を一括出力する関数（＝summary()の心理学用強化版）
説明Rには要約統計を出力するための関数がたくさんある(例えばsummary()やhmisc::describe()など)。psych::describe()は古典的な計量心理学における尺度構成および項目分析のために最も有用な要約統計を出力す...
{base} [R]{base} summary() : オブジェクトの情報を要約して出力するジェネリック関数
説明base::summary()は、様々なモデルあてはめ関数の結果オブジェクトの情報を要約した出力を生成するジェネリック関数である。使用法summary(object, ...)返り値ジェネリック関数であるため返り値は引数のクラスによって...
R言語 [R] 論理演算子
演算子意味用例&&かつ(スカラー)(1==1) && (1==2)||または(スカラー)(1==1) || (1==2)&かつ(ベクトル)(c(1,1,1) == c(1,2,3)) & (c(2,2,2) == c(1,2,3))|または...
Web [R] Web情報源
R本体の入手R本体の入手はこちらからRStudioの入手Rは本体そのままではなく、Win、Mac共通のR開発環境(IDE)であるRStudioを通して使用するのがオススメです。RStudioの入手はこちらから公式情報源RにはCRANという公...
R言語 [R] ジェネリック関数(generic function)とは何か？
定義ジェネリック関数(generic function)とは、渡される引数のクラスに応じて、自分自身（＝generic function）のために予め定義された複数のメソッドからいずれかを選んで実行する関数のことである。即ち、「関数名（引数...
{psych} [R]{psych} alpha() : 内的整合性信頼性の指標であるクロンバックα係数などを出力する
説明psych::alpha()は信頼性の１種である内的整合性信頼性(internal consistency reliability)の指標を出力する関数である。具体的には以下の内容を出力する。 クロンバックのα係数(Cronbach's...
{stats} [R] {stats} 確率関数まとめ
命名規則Rの確率関数は一定の規則で命名されている。即ち関数名の１文字目(d,p,q,r)が関数の種別を表し、その後に確率分布名(xxxxx)が続く。dxxxxx確率密度関数確率分布そのものを返すpxxxxx確率分布関数確率を返すqxxxxx...
Word [Word](2013) 行番号を表示/非表示する方法
→ から行番号の表示/非表示を切り替えられます。
{utils} [R] {utils} head() オブジェクトの先頭の一部を表示させる
説明utils::head()は、ベクトル、マトリックス、テーブル、データフレームあるいは関数の最初の部分を返す関数である。構文head(x, n = 6L,...)引数x先頭部分を返すオブジェクト。n整数値。正の場合、返り値オブジェクトの...
{deal} [R] {deal} ベイジアン・ネットワークの構築
Rのdealパッケージを使用してベイジアンネットワークを構築するためのソースの最小構成（スケルトン）を示す。library(deal)net1 <- network(df1) # 初期ネットワークオブジェクトを作成する。df1 はデータフレ...
確率論 周辺確率 (marginal probability)
定義周辺確率(marginal probability)とは、ある同時確率に対して、それを構成する１つの分割に関して全てを合算した確率である。$$ \sum\limits_{i = 1}^a {p({A_i},{B_j}) = } p({B...
確率論 同時確率 (joint probability)
定義同時確率(joint probability)とは、ある分割A(A1,A2,...Aa)と別の分割B(B1,B2,...Bb)がある時に、事象Aiと事象Biが同時に観察される確率である。同時確率はp(Ai, Bj)と表記する。同時確率(...
確率論 古典的確率
定義古典的確率では、事象Aの確率 p(A) は以下のように定義される。p(A) = 事象Aに含まれる根源事象の数 / 標本空間に含まれる根源事象の数即ち古典的確率とは、ある事象に含まれる根源事象の数の、標本空間に含まれる全根源事象の数に対す...
一般線形モデル 多変量解析 (multivariate analysis)
同義語多変量解析(multivariate analysis)、多変量統計(multivariate statistics)定義多変量解析は多変量データ（＝複数の変数で構成されるデータ）を統計的に処理し、そこから何らかの有益な情報を取り出す...
その他アプリ Audacityで連続音源を１曲ずつに切り出す方法
Audacity（音声編集ソフト、フリーウェア）を使用するとライブなどの連続した音源を１曲ずつに切り出すことが可能です。手順を以下に示します。(1) 素材となる音源をAudacityに読み込みAudacityを起動 → 音源ファイルをAud...
連関規則 連関規則 (association rule)
同義語連関規則、連想規則、アソシエーションルール定義連関規則とは、属性Aを持つオブザベーションが属性Bも持つ確率が高い、という知識のことである。上記の連関規則は、A → B、と表記する。例えばAmazonでは「この商品を買った人はこんな商品...
3次予防(治療) パフォーマンス・ステータス（Performance Status, PS)
定義パフォーマンス・ステータス(performance status)とは患者の全身状態を半定量的に評価する指標のことである。日常生活に必要な作業を自分でどの程度こなせるかという視点でスコアリングされる。がんの治療方針の決定、治療効果の判定...
本 独学者のための統計学に必要な数学を学ぶ本
統計学を理解するにはある程度の数学の知識が必要です。近年、統計学は数学の背景のない方も使用する必要に迫られることが多くなってきました。文系の方、プログラミング畑の方、研究やビジネスで必要になる方、いろいろだと思います。こういう方が統計学を勉...
疫学指標(因果的効果) 相対リスク減少 (relative risk reduction)
同義語相対リスク減少、相対危険減少定義相対リスク減少 = 1 - リスク比相対リスク減少も比の一種であり、従って0~1の値を取る。関連リスク比 (risk ratio)絶対リスク減少 (absolute risk reduction)
疫学指標(因果的効果) 絶対リスク (absolute risk)
同義語絶対危険、絶対リスク、absolute risk定義絶対危険(absolute risk) は、発生割合 (incidence proportion)、発生率 (incidence rate) の総称である。絶対リスクは総称であるから...
Web 医療経済のWeb情報源
保険点数を調べたい時しろぼんねっと （医療事務、保険点数、診療点数、診療報酬、レセプト）日本全体の疾患別手術件数を調べたい時病院情報局 （有料サイト）
共分散構造分析 縦断データ
縦断データは「時点」×「変数」×「観測対象」の構造になっているデータである。縦断データは3相データの１種である。
共分散構造分析 成長曲線モデル (Growth Curve Model, GCM)
同義語成長曲線モデル(growth curve model)、潜在曲線モデル(latent curve model)、潜在成長モデル(latent growth model)、マルチレベルモデリング、マルチレベル分析、階層線形モデル(hie...
共分散構造分析 共分散構造分析における変数の分類
共分散構造分析の観点からは変数を３つの観点で分類可能である。(1) 観測変数 vs 潜在変数観測変数：直接観測される変数（因子分析なら項目）潜在変数：直接測定できない変数（因子分析の因子など）(2) 構造変数 vs 誤差変数構造変数：考察の...
Zotero CSL入門
Primer — An Introduction to CSLはCSLの入門文書である。読んだ時のメモを以下に残す。CSL エコシステムCSLには「独立スタイル(independent style)」と「従属スタイル(dependent s...
疫学指標(因果的効果) 分割表 (contingency table)
同義語分割表、クロス表、2x2表、contingency table, cross table定義分割表とは２変数の関係を分析するために作成される表で、以下の形で表現される。結果(+)結果(-)行周辺合計原因(+)ABA+B原因(-)CDC...
バイアス ランダムでない脱落によるバイアス
同義語バイアスのかかった症例追跡 (biased follow-up)定義ランダムでない脱落によるバイアスとは、発生率 (incidence rate)の研究において、脱落(drop out)がランダムに発生していない場合に、発生率の推定結...
疫学指標(疾病発生) 発生率 (incidence rate)
定義発生率 = アウトカム発生数 ÷ at riskな総人時間ある集団（＝at riskな集団、分母）において、一定の時間単位（年、月、日など）において新たにアウトカムが発生する速度のこと。例えば１人年あたり何人がイベントを起こすかというこ...
疫学指標(疾病発生) リスク(risk)
同義語発生割合(incidence proportion)、cumulative incidence(累積罹患)、リスク(risk)、危険(risk)定義発生割合 = （リスク集団の中である一定期間に）イベントが発生した人数 ÷ リスク集団...
疫学指標(疾病発生) 有病割合 (prevalence proportion)
同義語有病割合、有病率、prevalence proportion、prevalence計算式と単位有病割合＝有病者の人数 ÷ 疾患の危険性を有する観察母集団の人数単位は無次元。（パーセントで表現することもある）。値は0から1の間の実数。定...
がんの生物学 cancer immunoeditingとは
cancer immunoeditingとは、免疫が癌を制御したり形づくる能力のことである。cancer immunoeditingは、３つのプロセス（即ちelimination、equilibrium、escape）の結果であると考えられ...
3次予防(治療) 皮膚悪性黒色腫（メラノーマ）に対する放射線治療の適応
皮膚悪性黒色腫に対する放射線治療の適応は、(1) 術後照射、 (2)遠隔転移症例に対する緩和照射の２つである。(1) 術後照射再発高リスク症例が対象となる。再発部位は原発巣と所属リンパ節である。ガイドラインによれば、治療目的は局所制御であり...
2次予防(検診) 日本における甲状腺乳頭がんの潜在がんの有病率
Yamamotoら(1996)は日本における甲状腺乳頭がんでの潜在がんの有病率を剖検研究に基づいて報告した。408人の連続した剖検症例に基づき、16-82歳の 46症例(11.3%)にて 64の潜在乳頭がん( occult papillar...
2次予防(検診) 日本における前立腺がんの潜在がんの有病率
(Yatani, 1988)らは、日本人における潜在的前立腺癌の有病率の経時的変化を剖検研究に基づいて報告している。有病率は1982-1986年に剖検された660人の群では34.6%、1965–1979年に剖検された576人の群では 22....
がんの生物学 子宮頸癌の前がん病変の分類法の歴史
子宮頸癌の前がん病変の分類法として、歴史的には３つのものが重要である。即ち(1) 歴史的分類 (2) Bethesda分類(1988-) (3) LAST分類(2012-)である。以下、各分類の概略をまとめる。歴史的分類前癌状態の扁平上皮の...
APA publication manual 5.05 Table and Figure Numbers
全ての表と図には数字で番号をつけなければならない。表と図につける番号は、本文で最初に言及される順番につける。本文の後の部分でそれらの図表について詳細な検討を加える場合でも、とにかく最初に登場した順番で番号はつける。表と図の番号には接尾辞の文...
本 独学者のための臨床研究の方法論を学ぶ本
臨床研究をするためには、臨床研究のお作法（＝方法論）を知る必要があります。先輩の言葉を信じ、先行論文を読めば自然に正しい臨床研究の方法が身につく、という状態には現状は達していません。出版されたものを含め方法論的に残念な研究も少なからずあり、...
本 放射線治療学を学ぶための本
医師は初期研修終了後、それぞれの専攻する科での専門トレーニングを受けることになりますが、そこで目を通すべき定番の本というのが各科にあると思います。他科のことを知りたいと思ったらこのレベルの文献に目を通すのが一番効率がいいはずです。放射線治療...
APA publication manual 3.22 Relative Pronouns and Subordinate Conjunctions
関係代名詞および従属接続詞は、主節と従属節を含む文書において、従属節を文章内に導入し、主節と従属節の関係を示すために使用される。関係代名詞にはwho, whom , that, whichなどがある。従属接続詞には、since, while...
{lavaan} [R] {lavaan}におけるモデル式の記述方法
{lavaan}を使いこなすにはモデル式を自由自在に記述できることが重要である。モデル式は通常、回帰式の定義、潜在変数の定義、分散と共分散（共変関係）の定義、切片の定義からなる。モデル式の記述に使用するオペレータ以下のモデル式の記述例では変...
{lavaan} [R] {lavaan}における推定法のオプション
パッケージlavaanには共分散構造分析を実行する関数として、sem()、cfa()、growth()、lavaan()が用意されている。またこれらの関数で共通して指定できる、推定法のオプションが用意されている。基本的な推定法の選択ルールは...
{lavaan} [R] {lavaan} lavaan()、sem()、cfa()、growth()の違い
パッケージ{lavaan}には共分散構造分析を実行する関数として、lavaan()、sem()、cfa()、growth()、が用意されている。これら４関数の関係を要約すれば、lavaan()が原型であり、その他3関数は、特定の状況でより簡...