モデル選択尤度比検定(likelihood ratio test)
定義 尤度比検定とは、ネスト関係にある２つのモデルの逸脱度(deviance)に有意差があるかどうかを検証する検定である。ネストの関係にないモデルの比較をすることはできない。 帰無仮説(H0) : ２つのモデルの逸脱度には有意差はな...
モデル選択Word[Word](2013) スタイル関連の用語を整理する
Wordの書式設定を理解するための用語を整理する。 Webの情報を読むと、スタイル、クイック スタイル、スタイル ギャラリー、クイック スタイル ギャラリー、スタイル セット、クイック スタイル、スタイル セット ギャラリー、クイック...
因子分析n因子モデルとn次因子モデル
定義 n因子モデル(１因子モデル、２因子モデル、・・・）は因子数n個を想定した因子分析モデルのことである。 n次因子モデルは、因子にn次の階層構造を想定した因子分析モデルのことである。例えば（下位の）因子1、因子2、因子3が（上位の）因...
クローバーの社ご近所で不動産バブルを体感する（文京区）
2016年5月8日現在、東京では不動産バブルが進行中である。 ご近所の物件でまさにそのバブルっぷりを体感できるものがあったので記録として残しておきたい。 アールヴェール文京白山という本駒込一丁目（南北線本駒込駅徒歩１分）の物件である。 ...
プログラミング備忘録FileMaker Pro でデータベースを共有する方法（まとめ）
FileMaker Proで作成したデータベースをネットワークで共有する方法にはどのようなものがあるのか。FileMakerのバージョンアップにより廃止された機能があったりしてわかりにくい。 FileMaker Proのデータベースを共有...
観察的研究心理尺度の開発手順
心理尺度は一般的に以下の手順で開発される。 項目作成 予備調査 本調査 項目作成 心理尺度のドラフト（叩き台）を開発する段階である。 検査目的に相応しいと考える項目を作成する。ブレインストーミングや関連す...
{base}[R]{base} subset() : ベクトル、マトリックス、データフレームから一部を選択抽出する(ジェネリック関数)
説明 ベクトル、マトリックス(行列)、データフレームから指定した条件を満たす一部（サブセット）を返すジェネリック関数である。大きく一次元のデータであるベクトルに対するsubset()と二次元のデータである行列、データフレームに対するsub...
R言語[R] Rにおけるオブジェクトとは何か？
Rではコンピュータのメモリに直接アクセスすることができない。従って間接的にメモリ上のデータを読み書きする何らかの仕組みが必要となる。この間接的にメモリ上のデータの読み書きを行うためのR言語独自の仕組み（インターフェース）を、Rでは"オブジェ...
R言語[R] NA, NaN, NULL
NULL, NaN, NA この３つの予約語はいずれも非存在（不在、欠損）を表すRの予約語である。紛らわしいがRでは違う意味を持っており使い分けられる。 予約語 意味 NA Not Availableの略。欠損...
R言語[R] 予約語 (reserved words)
予約語(reserved words)とは、R言語の仕様として予め特別な意味と役割が定められた文字列のことである。予約語はユーザーが定義する関数名、変数名などとしては使用できない。 具体的には以下の予約語がある。 if else rep...
{graphics}[R]{graphics} hist() : ヒストグラム（頻度表）を描画する関数
説明 graphics::hist()は指定されたデータを元に頻度表を計算するジェネリック関数である。 通常の使用法 とにかく頻度表を作成するには、以下のように記述すればよい。 hist(頻度表を作成するデータのベクトル) 頻度表...
{graphics}[R]{graphics} par() : グラフィカル・パラメータの設定あるいは取得
説明 graphics::par()を使用するとグラフィカル・パラメータの設定あるいは取得をすることができる。グラフィカル・パラメータはpar()に対する引数として指定する。その際の引数は、(1)タグ＝値という形式、(2) タグ＝値を１要...
生存時間分析生存曲線の交差(crossing hazards)
同義語 生存曲線の交差、crossing hazards 定義 crossing hazardsとは、キャプランマイヤー曲線において、群間の生存曲線が交差する現象のことである。 crossing hazardsは、(1)統計解析、(...
SimplicitySimplicityで箇条書きのフォントサイズ、行間を変更する方法(CSS)
Simplicityでは箇条書きをするとフォントサイズが小さく、行間が詰まって表示されるのが気になっていた。 記事本文のデフォルトの表示は気に入っていたので、箇条書きにおいても同じフォントサイズ、行間に設定することにした。 公式掲示板に...
仮説検定多重検定の問題（検定の多重性の問題）
定義 多重検定の問題（検定の多重性の問題）とは、１回ならαエラーを犯す確率の低い検定であっても、複数回繰り返すと偽陽性の推測(false positive inference)の回数も増えてしまう問題のことである。（なお１回の検定でαエラ...
3次予防(治療)毒性プロファイル(toxicity profile)
定義 １つの治療に伴う毒性（有害事象）は様々なものがある。毒性プロファイル(toxicity profile)とは、ある毒性が強く、他の毒性は弱い、というようなある治療の毒性の全体的特徴のことである。 関連 paper toxicit...
3次予防(治療)paper toxicity
定義 paper toxicityとは、治療に伴う毒性のうち、臨床検査などで検出されるが、患者の主観的体験には全く影響を及ぼさないもののことである。 例えば抗癌剤投与に伴う軽度の好中球減少などはpaper toxicityの例である...
研究デザインITT(intention-to-treat)の原則
同義語 治療意図(intention to treat, ITT) 定義 ITT(intention-to-treat)の原則とは、比較試験のデータ解析の際に、群の分類を、実際に受けた介入ではなく、割り当てられた介入によって決める原則...
薬物辞典抗がん剤の略語
肺がん領域 略語 正式名称 CDDP cisplatin CBDCA carboplatin PEM pemetrexed DOC docetaxel IP療法 CDDP+irinotecan TC療法 CB...
研究デザインtrue endpoint (真のエンドポイント)
同義語 clinical endpoint(臨床的エンドポイント) 定義 true endpoint(真のエンドポイント)とは、患者の利益を直接反映する変数（指標、アウトカム）のこと。 (里見 2011)は、true endpo...
研究デザインcontrol arm (CA)
定義 control armとは比較試験において、関心のある治療に割り付けられた群ではなく、これと比較対象となる群のことである。例えば、治療法の研究であれば、新治療法がstudy arm、その時点の標準治療がcontrol armとなる。...
その他アプリ[Adobe Flash] FLVとSWFの違いは何か？
FLVとSWFはいずれもAdobe Flash（アドビシステムズ社が開発した動画やゲームなどを扱うための規格）で使用されるファイル形式である。そのまま拡張子にもなっている。 簡単に違いを言えば、FLVは単なる動画ファイルであるのに対し...
研究デザインstudy arm (SA)
定義 study armとは比較研究において、新たに検討したいと思っている介入（新しい治療法など）に割り付けられた群を指す用語である。 関連 control arm(CA)
医学辞典Plummer-Vinson症候群 (Plummer-Vinson syndrome)
概要 鉄欠乏性貧血、嚥下困難、食道ウェブを特徴とする症候群。(*)食道ウェブ(esophageal webs) : 上・中食道に位置する薄い粘膜。 閉経後女性に多い。今日では非常にまれ。 原因は不明。低栄養が関与...
研究デザイン疫学研究デザインの分類
疫学研究の介入の有無、群間比較の有無、横断/縦断、研究対象の４つの観点から以下のように整理可能である。 記述疫学研究 観察or介入 群間比較 横断or縦断 研究対象 症例研究（報告） 観察 無 ...
研究デザイン症例対照研究 (case-control study)
同義語 ケースコントロール研究 (case-control study)、症例対照研究(case-control study)、ネステッド症例対照研究(nested case-control study) 定義 症例対照研究は以下の手...
研究デザインコホート研究 (cohort study)
定義 コホート研究(cohort study)とは、１つ以上のコホート内における疾病の発生を測定する研究デザインである。「全ての疫学研究の原型」（ロスマン）であり、縦断研究の１種である。 コホート研究の分類 分類１：前向き vs 後ろ...
Webブログ運営のためのWeb情報源
ブログ収益化 Googleアドセンス（ブログ収益化の基本） A8.net（日本の老舗アフィリエイト） 検索エンジン対策 Google Seach Console（Google 検索結果でのブログのパフォーマンスを監視、管理）...
医学辞典喘息の吸入器 (MDIとDPI)
喘息の吸入器には多くの種類があるがMDI(Metered Dose Inhalers)とDPI(dry powder inhaler)に大別される。両者の違いは、薬をガスの力で噴射するか、自分の呼吸で吸い込むか、という点である。 MDIは...
{base}[R]{base} rowMeans() : データフレームの複数行の行平均を一括計算する
説明 データフレームやマトリックに対して、複数行の行平均を一発で計算する。 使用法（通常） 欠損値を除外して平均値を算出する場合 rowMeans(データフレーム、na.rm = TRUE) 欠損値を除外しない場合（＝欠損値を含む...
{psych}[R]{psych} describeBy() : グループごとに要約統計量を出力する関数
説明 グルーピング変数ごとに要約統計を出力する。 使用法（通常） describeBy(データフレーム、グルーピング変数) 使用法（詳細） describeBy(x, group=NULL,mat=FALSE,type=3,dig...
研究デザインランダム化（無作為割付）
同義語 ランダム化、無作為割付、randomize 定義 ランダム化とは、研究対象を群分けして、どのような介入をどの群に対して行うかを、無作為に決定すること。原始的にはくじ引き、乱数表などを使用して行われていたが、現在では洗練されたコ...
研究デザイン盲検化(masking)
同義語 盲検化、マスク化、masking 定義 盲検化とはある患者が介入群が、対照群であるかをわからなくする方法である。RCTにおけるバイアス対策の１つである。 盲検化は、一重盲検化(single masking)、二重盲検化(do...
疫学指標(検査・診断)診断法の研究の指標：感度(sensitivity)、特異度(specificity)
診断法の研究はリサーチクエスチョンの構造、研究デザインともに同時の形態を持つ。従って研究結果を要約する指標もまた独自のものを持つ。具体的には感度(sensitivity)、特異度(specificity)が重要である。 分割表に基づいて感...
疫学指標(因果的効果)絶対リスク減少 (absolute risk reduction)
定義 絶対リスクの差の総称。絶対リスクそのものが、発生割合（＝リスク）や発生率の総称であることから、絶対リスク現象も発生割合や発生率の差ということになる。 総称であるため意味が曖昧になるおそれがあるので、可能な限り特異的な用語を用いるべ...
疫学指標(因果的効果)相対リスク (relative risk)
同義語 相対リスク、相対危険、relative risk 定義 相対リスク(relative risk)は、絶対リスク（リスクや発生率）の比である。即ちリスク比、発生率比の総称である。絶対リスク同様相対リスクも総称であるため、意味の曖...
疫学指標(因果的効果)NNT (Number Needed to Treat)
定義 NNTは絶対リスク減少(absolute risk reduction)の逆数である。 NNTに相当する人数を治療すると１人のイベント発生を防げると解釈する。 治療以外に、予防、診断に概念を拡張することもできこれらの場合、Num...
疫学指標(因果的効果)オッズ比 (Odds ratio)
定義 オッズ比はケースコントロール研究において、コホート研究におけるリスク比の代用として計算される指標である。 分割表で定義すると以下の通り。 結果(+) 結果(-) 行周辺合計 要因(+) A ...
研究デザイン曝露(exposure)
定義 曝露(exposure)とは要因のことである。具体的な意味は、治療を受けることであったり、リスク因子を持つことであったり、研究によって異なる。 臨床疫学では要因あり群を曝露群、要因なし群を非曝露群と呼ぶ。
研究デザイン観察研究
定義 観察研究は介入を伴わない研究デザインの総称である。観察研究は更に、比較検討の有無により、比較を伴う分析的観察研究と、比較を伴わない記述的観察研究（記述研究）に分類される。 関連 診療実態研究 診療実態研究は記述研究の１種である。
研究デザイン縦断研究(longitudinal study)
定義 縦断研究とは、研究によって得られたデータが２つ以上の時点に関連している研究のことである。２時点以上の測定が必要な研究といってもよい。 １時点の測定データのみを使用する横断研究(cross-sectional study)の対義...
研究デザイン横断研究 (cross-sectional study)
定義 横断研究(cross-sectional study)とは、研究によって得られたデータが全て同一時点の情報である研究のことである。曝露と疾病を同時に測定する研究である。 横断研究のメリットとデメリット メリット 横断研究では１...
研究デザイン分析的研究
定義 分析研究とは、研究内に複数の群があり、群間の比較を伴う研究である。 通常、介入研究は分析研究でもある。観察研究には分析的観察研究(analytical observational study)と、記述研究(descriptive ...
研究デザイン介入研究
同義語 実験研究 定義 研究者による被験者に対する何らかの介入を伴う研究のこと。対義語は観察研究（＝介入を伴わない研究）である。 介入研究の目的は、介入群と非介入群で結果の差があるかどうかを比較することである。この、介入群と非介入群...
SimplicitySimplicity2でヘッダーの画像と文字が重ならないようにする方法
Simplicityはヘッダーの画像の上に、サイトのタイトルと説明文が表示されるようデザインされている。実際にやってみるとわかるが、この仕様だと写真の色と文字色が近い場合、文字がとても読みにくい。例えば以下の画像のようになる。 この仕...
SimplicitySimplicity2でヘッダー画像の高さを設定する方法（注意点あり）
Simplicity 2ではカスタマイザからヘッダー画像を設定できる。Simplicityではヘッダー画像の高さはデフォルトで100ピクセルが推奨されている。このサイトのヘッダー画像はこのデフォルトの高さである。このままでいい場合もあるが、...
WordPress本体WordPressのテーマを編集する方法（マルチサイトの場合）
WordPressではテーマファイルをWordPressの管理画面から編集することができる。この機能を使用すると、FTPを経由する手間を省くことができる。 マルチサイトの場合、 → → → からこの機能を使用することができる。（子...
本独学者のためのRを学ぶ本
統計ソフトRを独学するための本を紹介します。Rの本は内容的には、入門書、リファレンス、各統計手法に特化した本などに分類できると思います。また統計学に重きをおいた本とプログラミングに重きをおいた本という分類もできると思います。 入門書 ...
{base}[R] {base} library()とrequire() : パッケージを読み込む
説明 base::library()とbase::require()は共に、Rのアドオン・パッケージを読み込む。 パッケージを読み込むという点では両関数の機能は同じである。違いは、require()は他の関数の内部で使用する目的でデザイ...
データマイニング辞典交差妥当化 (cross validation)
定義 交差妥当化(cross validation)とは、統計モデルが、そのモデルを構築する際に使用したデータ＝学習データ）とは別のデータセットに対してどの程度、一般化可能であるかを評価する手法である。要するに統計モデルの評価法の外的妥当...