[R] {psych} descibe() : 記述統計を一括出力する関数(=summary()の心理学用強化版)

説明

Rには要約統計を出力するための関数がたくさんある(例えばsummary()やhmisc::describe()など)。psych::describe()は古典的な計量心理学における尺度構成および項目分析のために最も有用な要約統計を出力する関数の1つである。例えば範囲の情報を出力するが、 これはコーディングエラーをチェックするというデータセットに対する最初の確認として最も有用である。

要するに心理学研究に必要とされる形で要約統計を出力するようにsummary()を改良した関数である。

使用法

describe(x, na.rm = TRUE, interp=FALSE,skew = TRUE, ranges = TRUE,trim=.1,
type=3,check=TRUE,fast=NULL)
describeData(x,head=4,tail=4)

使用例

同一のデータセット(お馴染みのiris)に対してsummary()とdescribe()を実行した結果を比較するのが最もわかりやすいだろう。

> data(iris)
> summary(iris)
  Sepal.Length    Sepal.Width     Petal.Length    Petal.Width          Species  
 Min.   :4.300   Min.   :2.000   Min.   :1.000   Min.   :0.100   setosa    :50  
 1st Qu.:5.100   1st Qu.:2.800   1st Qu.:1.600   1st Qu.:0.300   versicolor:50  
 Median :5.800   Median :3.000   Median :4.350   Median :1.300   virginica :50  
 Mean   :5.843   Mean   :3.057   Mean   :3.758   Mean   :1.199                  
 3rd Qu.:6.400   3rd Qu.:3.300   3rd Qu.:5.100   3rd Qu.:1.800                  
 Max.   :7.900   Max.   :4.400   Max.   :6.900   Max.   :2.500                  
> describe(iris)
             vars   n mean   sd median trimmed  mad min max range  skew kurtosis   se
Sepal.Length    1 150 5.84 0.83   5.80    5.81 1.04 4.3 7.9   3.6  0.31    -0.61 0.07
Sepal.Width     2 150 3.06 0.44   3.00    3.04 0.44 2.0 4.4   2.4  0.31     0.14 0.04
Petal.Length    3 150 3.76 1.77   4.35    3.76 1.85 1.0 6.9   5.9 -0.27    -1.42 0.14
Petal.Width     4 150 1.20 0.76   1.30    1.18 1.04 0.1 2.5   2.4 -0.10    -1.36 0.06
Species*        5 150 2.00 0.82   2.00    2.00 1.48 1.0 3.0   2.0  0.00    -1.52 0.07
>

返り値

psych::describe()は以下のものを返す。コンソールへの出力では2番以降が表示されている。

  1. A data.frame of the relevant statistics:
  2. item name
  3. item number
  4. number of valid cases
  5. mean
  6. standard deviation
  7. trimmed mean (with trim defaulting to .1)
  8. median (standard or interpolated
  9. mad: median absolute deviation (from the median)
  10. minimum
  11. maximum
  12. skew
  13. kurtosis
  14. standard error

関連

[R]{base} summary() : オブジェクトの情報を要約して出力するジェネリック関数

[R]{psych} describeBy() : グループごとに要約統計量を出力する

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