{lavaan}[R] {lavaan} lavaan()、sem()、cfa()、growth()の違い
パッケージ{lavaan}には共分散構造分析を実行する関数として、lavaan()、sem()、cfa()、growth()、が用意されている。 これら４関数の関係を要約すれば、lavaan()が原型であり、その他3関数は、特定の状況でよ...
{lavaan}モデル選択適合度指標 (fit index)
定義 適合度指標とはモデルとデータの当てはまり具合を数値で表す指標である。 適合度指標はモデルの全体的評価に用いられる。 適合度指標は「絶対的指標」と「相対的指標」に分類される。 絶対的指標とは、その数値に絶対的な基準値...
共分散構造分析共分散構造分析の適合度指標
共分散構造分析で用いられる代表的な適合度指標を以下にまとめる。 指標 解釈 CFI (comparative fit index) 比較的適合度指標 1に近いほど適合良好 0~1の値を取る TLI (Tucker-Le...
重回帰分析擬似相関 (spurious correlation)
定義 擬似相関(spurious correlation)とは、実質科学的な意味での関係性がないにも関わらず、変数間に現れる見かけ上の相関のことである。 変数xと変数yに擬似相関が生じる原因となるのは、変数x、y双方と相関を持つ変数...
共分散構造分析MIM、MIMIC、PLSモデル
多重指標モデル(multiple indicator model) 多重指標モデルは構成概念間の回帰分析モデルである。 上記例では、構成概念f2が構成概念f1によって説明されることを仮定している。 MIMICモデル (Multip...
APA publication manual3.06 Smoothness of Expression
文章がスムーズであることが重要である。 時制 そのためには時制を正しく使わねばならない。内容と時制の一致についての原則を示す。 時制 内容 過去形/現在完了形 文献レビュー、テーマが過去のイベントである場合の手続きの記述 ...
APA publication manual3.05 Continuity in Presentation of Ideas 概念を連続的に提示する
概念は連続性をもって提示することが重要である そのためには句読点(punctuation)や遷移語(transitional words)を上手に使う必要がある。 punctuationにはcomma, dash, colon, sem...
観察的研究心理尺度の質の評価（チェックリスト）
心理尺度そのものの質を評価する項目として以下のようなものが挙げられる。 妥当性 信頼性 精度 反応性 分布（天井打ち、床うち） 欠損 標準化
観察的研究精度(precision)
精度とは尺度の目の細かさを表す概念である。 尺度の精度を高めためには、(a) 質問項目数を増やす、(b) 回答の選択肢を増やす、のいずれかの方法がある。いずれの方法にせよ、回答者への負担が増す傾向がある。 精度の高い尺度の方が、差の検出...
観察的研究反応性 (responsiveness)
定義 反応性とは、介入前後、経時的変化など、被験者の実際の変化に対する、尺度の鋭敏性のことである。 被験者が実質的に変化していない場合には、時間をおいた検査、再検査において同一の測定結果がでることが望ましい（＝再テスト信頼性）。再テ...
バイアス外的妥当性 (external validity)
同義語 一般化可能性 (generalizability) 定義 外的妥当性(extenal validity)とは、ある研究の結果結果が、どの程度広い標的集団に適応できるかを示す概念である。 選択バイアス（例えば自己選択バイアス）...
観察的研究心理尺度の妥当性(validity)
定義 心理尺度の妥当性(validty)とは、尺度が測定しているものと、測定を意図しているものが本当に合致しているかどうかを表す概念である。心理尺度の妥当性(validity)と研究の妥当性(validity)（内的妥当性、外的妥当...
Apache[mod_rewrite] 備忘録
最上位ディレクトリ名にスラッシュを補完する(Trailing slash) RewriteCond %{HTTP_HOST} ^mumu\.jpn\.ph$ RewriteRule ^(/*)$ $1/ RewiteCond 書...
APA publication manual2.06 Method
内容 研究実施方法の具体的詳細を述べる。 変数の概念的定義および操作的定義を述べる。 既存研究の続報論文では、先行論文へのリファレンスを提示し、簡潔にポイントのみを述べるに留める。 Methodセクションは複数のラベル付...
APA publication manual2.08 Discussion
内容 Discussionは、結果が研究仮説を支持しているか、あるいは支持していないかを明瞭に述べることから開始する。複数の研究仮説がある場合は、それぞれに対して述べる。 研究仮説が不支持の場合、その理由を考察して述べる。 一...
APA publication manual2.05 Introduction
内容 リサーチクエスチョンの定義 なぜそのリサーチクエスチョンが重要なのか？ 基礎研究の場合は、先行研究間の不一致の解决や、理論の拡張などが目的となる。 臨床研究の場合は、現実の問題の解决が目的となる。 関連する先行研究のまとめ ...
Web放射線治療のためのWeb情報源
抄読会のネタ探し（雑誌） Journal of Clinical Oncology Red Journal (International Journal of Radiation OncologyBiologyPhysics) コチラ...
がんの疫学日本における非小細胞肺がん死亡者数の推定
日本の肺がん全体の死亡者数は国立がん研究センターが公開している。非小細胞肺がんの死亡者数を直接示した統計は見つけられなかった。そこで、非小細胞肺癌、小細胞肺癌が肺がん全体に占める割合とそれぞれの５年生存率のデータをもとに、肺がん全体の死亡者...
因子分析因子分析(factor analysis)
定義 因子分析とは、観測変数の背後に少数の潜在的な共通因子(common factor)の存在を仮定し、この共通因子から観測変数への影響を推定することを通して、観測変数から生成される相関行列を説明しようとする統計モデルである。 因子...
因子分析解の回転(rotation)
解の回転とは：因子負荷量の絶対値が、値の大きなものと小さなもの（０に近いもの）に、分離されるように初期解を変換すること。 解の回転方法は、「直交回転(orthogonal rotation)」と「斜交回転(oblique rotation...
因子分析単純構造(simple structure)
単純構造とは：探索的因子分析の結果として推定された因子負荷行列において、各観測変数が可能な限り少数の因子（従って理想的には１つの因子のみ）からのみ大きな影響を受けている状態のこと。 単純構造は２つ以上の因子の存在が仮定される場合に、因子負...
因子分析スクリープロット(scree plot)
相関行列から計算される固有値をy軸、固有値の連番をx軸に、固有値の大きいものから小さいものへと順にプロットした図のこと。 探索的因子分析における因子数決定の判断材料の１つとして使用される。 具体的には、スクリープロットを左から見て行き、...
WordPress本体WordPressの権限グループ(role)とは
WordPressの権限グループとは、WordPressのサイト内で各ユーザーごとに利用できる／できない機能を管理する仕組みである。日本語では「権限グループ」と訳されているが原語ではrole(役割)と呼ばれている。 WordPressでは...
WordPressプラグインUser Role Editorで新しい権限グループ(role)を作成する方法
WordPressではオリジナルの権限グループを作成することができる。User Role Editorプラグインを使用すると簡便である。以下、User Role Editorを使用してオリジナルの権限グループを作成する手順を示す。 (1)...
観察的研究信頼性 (reliability)
定義 信頼性とは、テスト理論において、検査得点が真の得点によって決定される程度、即ち検査得点が測定誤算によって左右されない程度のことである。以下の式で定義される。 信頼性＝真の得点の分散／検査得点の分散 信頼性は0~1の値をと...
定義と測定操作化(operationalization)
定義 操作化(operationalization)とは、概念を定量的に測定可能な変数として定義すること。言い換えれば概念を測定可能な指標に落とし込むことである。 例えば長さ、重さ、時間などの物理量は物理学以前にそもそも定量化されて...
WordPressプラグインWordPress 4.5でChild Pages Shortcodeのエラーが出るためCC Child Pagesプラグインに乗り換える
2016/04/16現在、WordPress 4.5にアップデートしたところ、Child Pages Shortcodeプラグインでエラーが出るようになってしまった。 Apacheのエラーログを確認すると以下のようなメッセージが連発してい...
XAMPPの使い方XAMPPのApache、MySQL、FileZilla、Mercury、Tomcatの各種ログの閲覧方法
Windows-XAMPPではApache、MySQL、FileZilla、Mercury、Tomcatの各サーバーの各種ログを統一したインターフェースから閲覧可能である。 XAMPP Control Panelを起動し、「Logs」...
3次予防(治療)ヨード制限
ヨード制限とは、ヨード含有率の高い(1)食品の摂取と (2)薬品の投与を避けることである。 甲状腺がんに対するヨード内服治療ではヨード制限が必須である。 ヨード制限食（＝ヨード含有率の高い食品の摂取回避） ヨード摂取量を50μg/...
定義と測定概念図からモデル式を構築する際の注意事項（説明変数の取捨選択）
概念図には、説明したい現象（目的変数）とその説明に寄与すると想定する因子（説明変数）をリストし各変数間の関係性をマッピングしていく。 この概念図を元に統計解析（具体的には多変量解析）を実施するには、概念図からモデル式を構築する作業が必要と...
バイアス内的妥当性 (internal validity)
同義語 内的妥当性(internal validity)、比較の質 定義 定義１：内的妥当性(internal validity)とは、１つの比較研究の"内"部における"比較の質"のことである。 定義２：内的妥当性とは、独立変数...
研究デザインドナベディアンモデル (Donabedian model)
Avedis Donabedianが提唱した、医療の質研究において、医療の質を測定するために使用される枠組み（フレームワーク）のこと。 「構造(structure)」 → 「過程(process)」 → 「結果(outcomes)」という...
研究デザイン診療実態研究(practice patterns study, practice variation study, patterns of care study)
同義語 practice patterns study, practice variation study, patterns of care study 定義 診療実態研究とは診療の実態を対象とした観察研究（更に言えば観察研究の一種...
がんの社会学患者申出療養とは
患者申出療養とは、患者が希望すれば、迅速な審査で国内未承認の薬剤を使った医療を混合診療として認める制度（保険外併用療養費制度）である。 患者申出療養の小史 2014年6月13日、規制改革会議 「規制改革に関する第2次答申」において、患者...
Web甲状腺がん放射性ヨード内用療法に関するWeb情報源
甲状腺がん放射性ヨード内用療法に関する情報提供サイトを集めました。 (日本核医学会) ヨード内用療法のページ (日本核医学会）甲状腺がんの放射性ヨード内用療法に関するガイドライン (日本癌治療学会) 甲状腺腫瘍診療ガイドライン (東...
医学辞典保険外併用療養費制度
保険外併用療養費制度とは、保険診療との併用が認められている保険外診療を管理する国家制度のことである。 国民皆保険制度では原則として保険診療と保険外診療の併用（＝即ち混合診療）が禁止されている。しかし一部の保険外診療に関しては例外的に保険診...
医学辞典国民皆保険制度
国民皆保険制度は、日本国民であれば「誰でも」「どこでも」「いつでも」平等に医療を受けられることを目指して確立された医療保険制度である。 国民皆保険制度の意義を理解するには、それ以前の歴史的状況を知る必要がある。 簡単に歴史的経緯をまとめる...
標本分布中心t分布と非心t分布
中心t分布とは、母集団においてμ1-μ2=0の場合（＝即ち帰無仮説が真である時の）のt検定量の分布である。単にt分布という時には、中心t分布を意味する。 非心t分布とは、母集団においてμ1-μ2≠0の場合（＝即ち帰無仮説が真である時の）の...
標本分布中心極限定理 (central limit theorem : CLT)
定義 中心極限定理 (central limit theorem : CLT)とは、母集団の分布の形のいかんによらず、標本数が大きくなるにつれ、標本平均の分布は正規分布に近づくという法則のことである。 中心極限定理によれば、母集団分...
一般線形モデル剰余変数
同義語 干渉変数、交絡変数、２次的変数、第３の変数、外生変数、調整変数 共変数、共変量（分散分析の文脈ではこう呼ばれることが一般的である） 定義 剰余変数とは、研究の焦点（主たる関心事）ではないが、目的変数に影響を与えうる変数の...
クラウドDropboxでファイル共有をする方法
Dropboxでファイルを共有する手順をお示しします。私の環境はWindows版、Pro版ですが他の環境でも概ね流れは同じだろうと思います。 (1) タスクバーからDropboxアイコンを右クリックする (2) Dropbox....
クローバーの社住宅の取得について
言うまでもなく東京の家賃は高い。東京の家賃生活は「立ち泳ぎ」を私に連想させる。 頑張って手足を動かしている間はなんとか浮かんでいられるのだが、止めたらすぐに溺れてしまうのだ。 家賃も高いが、買おうとしたら家は更に高い。家賃を払いながら貯金...
クローバーの社訪問診療の走行に診療報酬改定が与える影響について
訪問診療というのは体が不自由なため通院困難な患者さんを自宅や施設に訪問して行う医療のことです。 医療費抑制のために、国は病院を削減し訪問診療にシフトする方針であると私は考えています。 さて訪問診療に限らず保険医療の世界では２年に一度、診...
クローバーの社子供の貧困を考える
貧困な親の子供も貧困になる「貧困の連鎖」は社会問題であると言われています。 しかし少し考えれば明らかなように、これは豊かな親の子供が豊かになる、いわば「豊かさの連鎖」と表裏一体です。 この現象は本当に望ましくないのでしょうか？ ...
仮説検定検定統計量F
定義 検定統計量F = モデルの平均平方 / 残差の平均平方 性質 検定統計量Fは相関係数の検定のt検定量の２乗に一致する。 検定統計量Ｆの分母の自由度＝相関係数の検定のt検定量の自由度
ApacheWordPressを高速化する方法：「コピペ一発でSimplicityを結構高速化する方法」をWindows-Xampp-Apache環境で有効化する方法
WordPressをコピペ一発で高速化する方法をテーマSimplicityの作者わいひらさんが公開して下さっている。 上記記事は、XServerをレンタルしていて、.htaccessファイルを編集するケースを想定した解説になっている。...
{survival}[R] {survival} summary.km()の出力の読み方
summary.km()を実行すると以下のような出力が得られます。 time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI 2.0 113 1 ...
モデル選択AIC(Akaike information criteria)
定義 AICは以下の式で計算される。 $$AIC=-2\log { L } +2k$$ L: 尤度、k：（推定される自由）パラメータの数。パラメータの数とはモデルに含まれる説明変数の数のことである。 モデル選択(mo...
{graphics}[R] {graphics} persp() : ３次元図を作成（プロット）する関数
Rで３次元図を描画するためには常套句がある。 # Rにおける3次元プロットの常套句 x <- seq(0, 10, 0.5) y <- seq(-5, 5 ,0.5) f <- function(x,y){ 10+...
重回帰分析重回帰分析における統計的推測の前提条件（仮定）
重回帰分析における統計的推測の前提条件は、説明変数で目的変数を予測した時の残差が正規分布（平均０、分散一定）に従うというものである。 なお、説明変数や目的変数には正規分布は仮定されていない。 関連 一般線形モデルの仮定