{lavaan} [R]{lavaan} lavaanの組み込みデータセット
{lavaan}には組み込みデータ・セットして、HolzingerSwineford1939、PoliticalDemocracy、Demo.growthなどが用意されている。それぞれデータセットの内容についての説明を読むためには以下のスク...
{lavaan} バイアス 未回答者バイアス (non-responder bias)
定義未回答者バイアスとはある種の要因を持つ被験者が回答に消極的であるために生じるバイアスである。選択バイアス (selection bias)の１種である。関連疫学研究における誤差(error)選択バイアス (selection bias)
バイアス 紹介バイアス (referral bias)
医療者が偏って患者を選択することによって生じる選択バイアスの１種。
バイアス 想起バイアス(recall bias)
同義語想起バイアス(recall bias)、思い出しバイアス(recall bias)定義想起バイアス(recall bias)とは、後ろ向き研究において、被験者の意識的・無意識的な心理によって生じる記憶想起（思い出し）の正確さの差異によ...
バイアス 面接者バイアス (interviewer bias)
定義面接者バイアスは、面接者の意識的・無意識的な心理状態によって生じるアウトカム測定結果の系統誤差（測定バイアス）である。試験に例えれば、単なる採点ミスではなく、身内に甘い点数をつけることである。
バイアス 選択バイアス (selection bias)
定義選択バイアスは、標本抽出の段階で生じる系統誤差である。即ち、標的母集団からの標本抽出がランダムでないことによって生じる推定結果の真値からのズレである。
バイアス 測定バイアス(measurement bias)
同義語測定バイアス(measurement bias)、情報バイアス (information bias)定義測定バイアスは疾病（アウトカム）測定段階で生じる系統誤差である。具体例思い出しバイアス (recall bias)診断バイアス面接...
バイアス 発見徴候バイアス
ある要因の有無によってアウトカムの測定されやすさが異なるために生じる情報バイアス。
バイアス 診断バイアス
要因の有無によってアウトカムの測定されやすさが異なることによって生じる測定バイアス。例えばある要因を持っている患者を、その要因を持たない患者より医師が注意診察することによって生じる。
バイアス 自己選択バイアス (self-selection bias)
自己選択バイアス(self-selection bias)とは研究への参加の有無を、参加者が自己決定することによって生じるバイアスである。選択バイアスの一種。例えば研究テーマに興味を持つ人は、持たない人より、参加率が高いと想像される。結果と...
バイアス 研究デザインとバイアスの対応
研究デザインとバイアスの対応研究デザインと生じるバイアスには対応関係がある。またバイアスには比較の質（＝内的妥当性）を落とすものと落とさないものがある。研究の型選択バイアス情報バイアス比較の質を落とす比較の質を落とさない比較の質を落とす比較...
バイアス 疫学研究における誤差(error)
疫学研究の目的は疫学的指標の得ること（その具体的な数値を知ること）である。実際の研究によって得られるのは、真の数値の推定値である。この推定値と真の数値のズレが疫学研究における誤差である。疫学研究の誤差の分類疫学研究における誤差は、「系統的誤...
研究デザイン 院内コントロール
定義院内コントロールとは、ケース・コントロール研究 において、ケースと同一の病院に通院/入院している患者から選ばれたコントロール群のこと。院内コントロールはアクセスのしやすさから、臨床研究において頻用される。
疫学指標(因果的効果) 寄与割合 (attributable fraction)
定義寄与割合(attributable risk)とは、要因ありの群の中で発生したイベントの何割がその要因によって起きているのかを示す指標である。R1(要因ありの群のリスク)、R0(要因なしの群のリスク)とした時、寄与割合 = (R1 - ...
疫学指標(疾病発生) イベント関連の指標：有病割合、発生割合、発生率
イベント関連の指標の関係は以下の図で整理される。○が観察対象である。観察期間途中で終わっている症例がイベント発生例である。X軸が観察期間を表し左端を時点０，右端を時点１とする。有病割合を計算するには時点０の観察データのみでよい。発生割合を計...
2次予防(検診) ５がん検診
癌種対象年令頻度方法胃がん40歳以上毎年胃透視（バリウム）、胃内視鏡、ペプシノゲン検査、ヘリコバクターピロリ(ピロリ菌)抗体検査大腸がん40歳以上毎年便潜血（化学法・免疫法）、Ｓ状結腸鏡検査、全大腸内視鏡検査、注腸Ｘ線検査、直腸指診肺がん4...
1次予防(発生予防) 喫煙とがん
日本人の喫煙率習慣的に喫煙している人の割合は20.1%(男性32.4%、女性9.7%)。このうち35.4%の人はタバコをやめたい、と回答している。(2013年 国民健康・栄養調査)日本人のがんのうち、たばごが原因を占める割合男性で30%、女...
3次予防(治療) 統合医療（各種定義）
統合医療に関する定義団体定義国立補完統合衛生センター従来の医学と、安全性と有効性について質の高いエピデンスが得られている相補(補完)・代替療法とを統合した療法厚生労働省近代西洋医学を前提として、これに相補（補完）・代替療法や伝統医学等を組み...
Web 統合医療に関するWeb情報源
統合医療（代替医療）の世界は玉石混交である。利用される患者さんは少なくないが、無益でお金がかかるもの、有害なものも多数ある。実際にやるにあたっては病院選びやセカンド・オピニオン以上に主体的な情報収集の努力が必須である。その努力を十分にやる覚...
{base} [R] {base} set.seed() : 乱数の種を設定する関数。シミュレーション研究の必須設定。
説明set.seed()は乱数の種を設定する関数である（Rではこの関数の使用が推奨されている）。シミュレーション研究では乱数生成前に必ずこの指定が必要である（指定しておかないと結果を再現できなくなるため）。使用法（通常）set.seed(s...
仮説検定 多重検定の補正(multiple-testing corrections)
定義多重検定の補正(multiple-testing corrections)とは多重検定に伴う偽陽性の問題を解决する（あるいは緩和する）ための方法である。多重検定法の補正法の分類FWER制御法（family wise error rate...
推定 推定量のバイアス
推定量のバイアス＝推定量の期待値 - 母数の真値推定量の不偏性あるいは、不変推定量とは、バイアスが０であること意味する。
因子分析 3相データに対する因子分析で生じる５つのモデル
3相データに対する因子分析では５つのモデルが生じる。配置不変モデル(configral invariance)弱測定不変モデル(weak measurement invariance)強測定不変モデル(strong measurement ...
共分散構造分析 平均共分散構造分析
分散分析における「平均構造」は重回帰分析における「切片」に対応する。母集団の平均ベクトルを潜在変数の平均で構造化することから命名。平均構造を解釈する場合は、非標準化推定値を参照する。具体的な使用例(1) 縦断データの因子分析(2) 多母集団...
標本分布 母集団と標本の統計量の命名規則
母集団の統計量を母数と呼ぶ。母数は、母○○と命名する。母平均、母標準偏差、母効果量など。標本の統計量は標本○○と命名する。標本平均、標本標準偏差、標本効果量など。
分散分析 分散の等質性の仮定
分散分析では条件間で従属変数の分散が等しいことを前提の１つとしている。実際にそうであるかどうかを確認する方法にbartlett検定がある。しかしこの仮定が満たされていなくても分析結果には大きく影響しないことが知られている。
がんの生物学 EGFR
erbB受容体ファミリーに属する膜貫通型受容体蛋白であるリガンドの結合により二量体を形成する非小細胞肺癌を含む多くの固形がんで過剰発現しているこの経路の活性化が腫瘍増殖と関連していると考えられており治療の標的となっている具体的には分子標的薬...
WordPress本体 WordPressの[投稿]の[表示オプション]で件数を多く設定しすぎた場合に、再設定不能になってしまう問題とその解決策
WordPressではのから「投稿一覧」画面で表示する投稿件数を指定することができる。最大表示可能件数は999件である。一度に表示できる件数が多い方が便利ではあるが、表示速度とのトレードオフの問題がある。表示件数を増やしすぎて、あまりにも速...
薬物辞典 bevacizumab
現時点でbevacizumabの効果を予測できる分子マーカーはない。
研究デザイン 予後因子(prognostic factor)と予測因子(predictive factor)
予後因子(prognostic factor)は、無治療で自然経過を観察した場合の、疾病の予後を予測する因子である。予測因子(predictive factor)は、治療効果の予測に役立つ因子である（＝治療効果に対して交互作用を持つ因子であ...
研究デザイン 中間解析 (interim analysis)
定義中間解析(interim analysis)とは広義には臨床試験実施中に（＝最終解析時点前の途中の段階）でなされる解析のことである。狭義には、第III相ランダム化比較試験において、プライマリーエンドポイント（時にはセカンダリーエンドポイ...
仮説検定 αエラー（第１種の誤り：Type Ⅰ error）
同義語第１種の誤り (Type Ⅰ error)、αエラー、アルファエラー定義第１種の誤り(αエラー)とは、実際には帰無仮説が正しい場合に、誤って帰無仮説を棄却してしまう誤りのことである。伝統的にはα=0.05を使用することが多い（ちなみに...
WordPress本体 WordPressのセキュリティチェックをオンラインで実施する方法 : WordPress Security Scan
WordPressのセキュリティチェックを簡単に行えるネット上のサイトとしてWordPress Security Scanがある。
{stats} [R] {stats} cov() : 分散共分散行列を計算する関数
説明stats::cov()は分散共分散行列を計算する関数であるvar()、cov()、cor()、cov2cor()は１つのファミリーとみなすことができる。使用法（通常）(1) 数値型のマトリックスを引数として、マトリックスの全変数の組み...
{stats} [R] {stats} cov2cor() : 分散共分散行列を相関行列に変換する関数
説明stats::cov2cor() は分散共分散行列を相関行列に変換する関数である。相関行列を計算する場合、生データがあればcor()を生データに対して直接使用すればよい。生データがないが、分散共分散行列のみがある場合、cov2cor()...
{survival} [R] {survival} number at risk テーブル付きのキャプランマイヤー曲線を描く方法
Rでは、{survival}パッケージのsurvfit()関数を使用して作成したモデル オブジェクトを引数としてplot()関数を実行することでキャプランマイヤー曲線を描画することができる。しかしながらこの方法では論文でよく見る numbe...
Windows10 Windows10でBackdoor.PHP/SimpleShell.Aを検出
Windows Defender(Windows 10)がBackdoor.PHP/SimpleShell.Aというのをいつの間にか検出していた。マイクロソフトの説明によると、悪意あるハッカーによってPCに勝手にアクセスされ乗っ取られる非常...
WordPress本体 WordPressに対するJCE攻撃の記録と対策
WordPressサーバーが攻撃を受けた。Apacheの生ログを以下に添付する。151.80.97.152 - - "POST /forest/computer/category/server/xampp-for-windows/xamp-...
研究デザイン 完全無作為１要因デザイン
定義完全無作為１要因デザインとは、１要因に含まれる複数の水準の各水準に、被験者を無作為に割りつける実験デザインである。関連ランダム化（無作為割付）
記述統計(2変数) γ係数 (GoodmanとKruskalの順序連関係数)
γ係数は -1から1の値を取る。0が連関無し、1が完全な正の連関、2が完全な負の連関を意味する。関連連関(association)と相関(correlation)
{stats} [R] {stats} t.test() : １標本あるいは２標本のt検定を行う
説明ベクトル型データを対象として１標本あるいは２標本のt検定を行う。使用法（通常）t.test(平均を比較したい変数 ~ グループ化変数, data = データフレーム)引数formula左辺 ~ 右辺という形式で記述される式。左辺は検定の...
{datasets} [R] {datasets} sleep
説明sleepは２つの睡眠薬の効果（コントロール群に対する睡眠時間の延長分）を示すデータである。データ形式3変数、20オブザベーションからなるデータフレームである。 睡眠時間の延長量(時間） 投与された薬物（要因） 患者ID（要因）
観察的研究 共分散構造分析による古典的テスト理論のテストモデルの表現
古典的テスト理論におけるテストモデル（平行テスト、タウ等価テスト、同族テスト）は、共分散構造分析の枠組みで表現可能である。Rの{lavaan}の文法で同族テストを記述すると以下のようになる。真の得点 =~ a1 * 問題1の観測得点 + a...
観察的研究 クロンバックのα係数 (Cronbach’s alpha)
定義クロンバックのα係数 (Cronbach's alpha)とは、古典的テスト理論 (classical test theory)にのテストモデルの１つであるタウ等価テストにおける信頼性係数 (reliability coefficien...
観察的研究 信頼性係数 (reliability coefficient)
定義信頼性係数 ＝ 真の得点の分散÷観測得点の分散 = 信頼性指数の２乗信頼性係数(reliability coefficient)とは、真の得点の分散の、観測得点の分散に対する比である。相関係数の２乗であり、「決定係数（＝説明率）」に相当...
観察的研究 信頼性指数(reliability index)
定義信頼性指数(reliability index)とは、観測得点と真の得点との相関係数のことである。信頼性指数を２乗したものが信頼性係数(reliability coefficient)である。相関係数の２乗は「決定係数（＝説明率）」と呼...
観察的研究 古典的テスト理論 (classical test theory)
定義古典的テスト理論(classical test theory)とは、観測得点＝真の得点＋測定誤差と考え、観測得点に真の特定が反映されている程度を評価することによって、テストの信頼性を評価しようとする理論である。テストでn個の問題が問われ...
マルチレベル分析 自己共分散(auto-covariance)
定義自己共分散とは、時系列データ（縦断データ）において、ある時点の観測変数Xとその１時点前の観測変数Xとの共分散のことである。
記述統計(1変数) 中心化（センタリング）
同義語中心化、センタリング、centering定義中心化(centering)とは、ある変数の得点から定数を引くことである。引く定数として何を使用するのかは、研究の文脈によって様々である。通常は、その変数の平均値を使用したり、何らかの意味の...
モデル選択 尤度比検定(likelihood ratio test)
定義尤度比検定とは、ネスト関係にある２つのモデルの逸脱度(deviance)に有意差があるかどうかを検証する検定である。ネストの関係にないモデルの比較をすることはできない。帰無仮説(H0) : ２つのモデルの逸脱度には有意差はない逸脱度は推...