{utils}[R]{utils} download.file() : インターネットからファイルをダウンロードする関数
説明 download.file()はインターネットからファイルをダウンロードする関数である。 使用法 download.file("ダンロードしたいファイルのURL", "ローカルに保存する際のファイル名") download...
{utils}{semPlot}[R]{semPlot} semPaths() : SEMモデルのパス図を描画する関数
説明 SEMモデル（あるいは一般線形モデル)に対するパス図を生成する(ggraphを使用してプロットされる)。多数のSEMプログラムおよびパッケージをサポートしている。サポートされているパッケージおよび各パッケージで何がサポートされている...
{semTools}[R]{semTools} moreFitIndices() : {lavaan}では計算されないその他の適合度指標を計算する関数
説明 lavaan()の実行結果に対する適合度指標はsummary()関数にfit.measures=TRUEという引数を指定することで表示できる。semTools::moreFitIndicies()は{lavaan}パッケージ単体では...
因子分析部分的測定不変性 (partial measurement invariance)
概念 部分的測定不変性 (partial measurement invariance)とは、尺度のうちに測定不変性を満たす項目と満たさない項目が混在している状態である。 関連 測定不変性(measurement invariance...
因子分析測定不変性(measurement invariance)、測定等価性(measurement equivalence)
同義語 測定不変性(measurement invariance)、測定等価性(measurement equivalence) 定義 測定不変性(measurement invariance)とは尺度(scale)の性質を表す言葉で...
因子分析多群確認的因子分析(multiple-group confirmatory factor analysis ; MG-CFA)
定義 研究によっては、異なる群間や、同じ郡の別の時点の潜在因子を比較する必要がある。典型的にはこの比較は潜在因子の平均値の比較によって行われる。 ここで注意しなければならないのは、平均の比較はどんなものであれ全て、測度が異なる群間で...
疫学指標(疾病発生)年齢調整死亡率(age-adjusted mortality rate)
定義 年齢調整死亡率とは、対象集団で実測された死亡率(=粗死亡率)を、基準人口での死亡率に換算した値のことである。 対象集団の年齢調整死亡率＝Σ (対象集団における年齢5歳階級別粗死亡率 x 基準人口の当該年齢階級の人口) / 基準...
Rデバッグ[R]{lavaan} cfa() : covariance matrix of latent variables is not positive definiteという警告の原因と対策
cfa()を実行すると以下の警告メッセージが出力されることがある。 Warning message: In lav_object_post_check(lavobject) : lavaan WARNING: covariance...
記述統計(1変数)要約統計 (summary statistic)
同義語 要約統計(summary statistic)、記述統計(descriptive statistic) 定義 記述統計（要約統計）とは、生データの情報を圧縮し、データの本質を理解しやすい要約情報を生成し表現する手法の総称である...
疫学指標(疾病発生)全生存率 (overall survival rate)
同義語 生存率 (survival rate) 定義 研究対象の人々の中で、（診断あるいは治療開始から）一定の観察期間後経過後に生存している人の割合のこと。 生存率＝観察期間経過後の生存者数（人）÷ 観察対象人数（人） 観...
{graphics}[R]{graphics} pairs() : 散布図行列を描画する関数
説明 散布図行列を描画する 使用法 # (1) 引数にデータフレームを渡す場合 pairs(x, ...) # (2) 引数にformulaオブジェクトを渡す場合(S3 method for class 'formula'...
{stats}[R]{stats} cor() : 相関係数を計算する関数
説明 cor()は相関係数を計算する関数である。x,yがともにベクトルの時はxとyの相関係数を計算する。xとyが行列の時は、xの列とyの列の相関係数を計算する。 使用法 cor(x, y = NULL, use = "everythi...
マネー辞典建蔽率
同義語 建蔽率（建ぺい率、けんぺいりつ） 定義 建ぺい率＝建物面積÷敷地面積 地域ごとに30% - 80%の範囲で建ぺい率の上限値が定められている。即ちこの上限値以上の建ぺい率の面積の建物は、自分の土地の中であろうと建てることが...
{base}[R]{base}rep() : ベクトルあるいはリストの要素を繰り返す関数
説明 base::rep()はベクトルあるいはリストの要素を繰り返す(＝複製を作成する)関数である。ジェネリック関数(generic function)である。内的なデフォルトメソッドを以下に解説する。 使用法(通常) # 指定した要...
{base}[R]{base} row.names() : データフレームの列名を(文字型ベクトルとして)取得または設定する関数
説明 全てのデータフレームには必ず行名属性(row names attribute)が存在する。行名属性は（長さ＝データフレームの行数）の文字ベクトルであり、値の重複や欠損は存在しない。 便宜上、row.names()はジェネリック...
共分散構造分析共分散構造分析において潜在変数（因子）を使うメリット
共分散構造分析において潜在変数（因子）を使うメリットは主に３点ある。 単なる項目の合計点の代わりに因子を使用することによって、相関の希薄化を免れることができる 因子を使用することによりモデルの自由度が上がり、飽和モデルを回避...
モデル選択飽和モデル(saturated model)
定義 飽和モデル(saturated model)とは、全ての主効果に加え、考えられる全ての交互作用を含むモデルのことである。考えられる全ての交互作用の次数に制限はない（２次、３次・・・）。 飽和モデルは自由度０のモデルと言うことも...
定義と測定多重操作(multiple operation)
定義 多重操作(multiple operation)とは、多種類の操作を組み合わせることによって、研究対象の構成概念の正しい測定を実現することである。１つだけで完全に構成概念を測定可能な操作（＝完全に純化された操作）というのは現実的には...
因果関係純化(purification)
定義 純化(purification)とは、１つの操作ができるだけ１つの構成概念だけを測定（代表、翻訳）するようにさせる作業のこと。以下に概念図を示す。
心理学辞典内観(introspection)：心理学における
定義 内観(introspection)とは、(1) 自分で自分の意識（内面）を観察する行為であり (2)その行為によって得られる自己の内面に対する直観のことである。 外側から観察することが不可能な心理プロセスの研究においては重要な...
定義と測定操作的定義(operational definition)
概念 操作的定義(operational definition)とは、構成概念をその測定操作によって測定されるもの、とする定義のことである。 例えば学力とは学力テストで測定されるもの、幸福感とは幸福度尺度で測定されるもの、という具体...
定義と測定補助仮説（補助仮定）
同義語 補助仮説 auxiliary hypothesis、補助仮定 auxiliary assumption 定義 （研究の対象となっている）構成概念に対し、これを測定するための操作(＝手続き）が正しく対応しているという仮説。補助仮...
WordPressプラグインWP QuickLaTex : WordPressで数式を表示するためのプラグイン
WordPressで数式を表示するにはプラグインを使用する必要がある。おそらく一番有名なのはJetPackの１機能であるBeautiful Math with Latexである（機能的に優れいてるというよりはJetPackの一部として勝手に...
自宅サーバー自宅サーバーのためのハードウェア
自宅サーバーを構築するためのオススメ ハードウェアを紹介しようと思う。紹介するものは全て自腹で自宅で検証済である。 PC本体 自宅サーバーに求められるのは何より省スペース、省エネ、静音である。これら３条件を満たさないPCを365日24時...
2次予防(検診)５がん検診の感度、特異度、死亡率減少効果まとめ
５がん検診の感度、特異度および死亡率減少効果について、がん情報サービスが公開しているデータを整理した。がん情報サービスは、国立がん研究センターがん対策情報センターが運営するサイトであり、事実上、日本政府の公式見解と考えてよいであろう。 ...
疫学指標(因果的効果)リスク比 (risk ratio : RR)
同義語 リスク比 、risk ratio : RR 定義 リスク比(risk ratio) = 曝露群のリスク(R1) / 非曝露群のリスク(R0) 曝露群が結果を生じる可能性が、非曝露群の何倍かを示す数値である。 リスク比と...
Web疫学のWeb情報源
人口統計 日本の人口統計 疫学用語 ボストン大学公衆衛生教室のWayne W. LaMorte氏によるチュートリアル
疫学指標(疾病発生)person-time（人時間、人年、人月、人日）
語の整理 person-time（人時間）、person-year(人年)、person-month(人月)、person-day(人日) 定義 人時(person-time)とは、１人１人の観察時間の総和である。人年(perso...
疫学指標(疾病発生)リスク集団 (population at risk)
定義 関心のあるアウトカムを発生する可能性のある人々の集団のこと。既にアウトカムを発生してしまった人、発生する可能性が皆無である人は含まれない。 臨床研究においては観察対象集団となる。リスク集団のサイズ(人数)は発生割合の分母となる。
疫学指標(疾病発生)平均有病期間(average duration of disease)
同義語 平均有病期間、平均罹病期間、average duration of disease 定義 有病期間はある疾病に罹患している期間である。平均有病期間(average duration of disease)はある集団における有病...
Word[Word](2013) リンク貼り付けとは？（ハイパーリンクとの違い）
Wordは「リンク（貼り付け）」と「ハイパーリンク」という２つの別の機能をサポートしています。紛らわしいですが別物なので要注意です。 Wordのハイパーリンクはインターネットのハイパーリンクと同じものです。ある文字列をクリックすると、...
疫学指標(検査・診断)検査後確率(post test probability)
同義語 検査後確率 post test probability, post test risk 事後確率 posterior probability（ベイズ統計学の用語） 陽性的中率、陰性適中率（それぞれ検査後確率の１種） ...
疫学指標(検査・診断)検査前確率 (pretest probability)
同義語 検査前確率 pretest probability，pretest risk 事前確率 prior probability（ベイズ統計学の用語） 有病率 prevalence proportion（概念的な同義語ではな...
疫学指標(検査・診断)陰性適中率 (Negative predictive value ; NPV)
同義語 陰性適中率，陰性適中度，陰性的中率，陰性的中度，陰性反応適中率，陰性反応適中度，陰性反応的中率，陰性反応的中度、陰性予測率，陰性予測度，陰性予測値，無徴正診率 上記の通り同義語が夥しい。「陰性予測値」が英語の直訳であろう。上記バ...
疫学指標(検査・診断)陽性適中率 (Positive predictive value ; PPV)
同義語 陽性適中率，陽性適中度，陽性的中率，陽性的中度，陽性反応適中率，陽性反応適中度，陽性反応的中率，陽性反応的中度，陽性予測率，陽性予測度，陽性予測値，有徴正診率 上記の通り同義語が夥しい。「陽性予測値」が英語の直訳であろう。上記バ...
{lavaan}[R]{lavaan} inspect() : あてはめたlavaanオブジェクトから情報(見たい情報のみを)を抽出する
Description lavInspect() および lavTech() 関数はあてはめられたlavaanオブジェクトから指定した情報を抽出する関数である。注意：古いS4のinspect()メソッド は現在は、デフォルトの引数指定付き...
{semTools}[R]{semTools} measurementInvariance() : 多母集団の確認的因子分析においてモデルの測定の不変性を検定する
説明 典型的なモデル比較のための検定を使用して、グループ間の測定の不変性(measurement invariance)を検定する。 使用法 measurementInvariance(モデル式, data=データフレーム, grou...
1次予防(発生予防)がんの原因となる感染症
いくつかのがんでは感染症が原因となることが知られている。 原因となる微生物 がん ヘリコバクター ピロリ菌 胃（非噴門部）、胃MALTリンパ腫 ヒトパピローマウィルス(HPV) 子宮頸部、外陰部、膣、口腔、中咽頭、肛門、陰茎...
1次予防(発生予防)飲酒とがん
飲酒による発がん 飲酒量が増えると発がんリスクが高まる（純エタノール23g未満の群に比べ、46g以上で 40%、69g以上で60%発がんリスクが高まる)。 女性の方が体質的にアルコールの影響を受けやすく、より少ない量で発がんリ...
がんの生物学良性と悪性の違い
良性、悪性は腫瘍の性質を区別するための言葉である。要するに腫瘍がその場で大きくなるだけか、周囲の組織を破壊し全身の他の部位にまで転移しうるのかの違いである。 良性(benign)： がん性(cancerous)ではないこと。良性腫瘍はサイ...
がんの生物学がん、ガン、癌の違い
ひらがなとカタカナのがんとガンは同じ意味である。これらはある種の疾患の総称である。漢字の癌はがんの１種である。 がん、ガン(cancer)： 細胞が異常に分裂し、周囲の組織に浸潤する疾患のこと。がん細胞は血流あるいはリンパ流にのって全身...
がんの生物学腫瘤(mass)、腫瘍(tumor)、嚢胞(cyst)の違い
腫瘤(mass) ： 体の中にできた塊のこと。特定の形に限定されない。細胞の異常増殖、嚢胞、ホルモンの変化、免疫反応などによって生じる。腫瘤は良性（非がん）または悪性（がん）である。 腫瘍(tumor)：体組織が異常に増殖した塊。細胞...
記述統計(1変数)要約統計量 (descriptive statistic)
同義語 記述統計量(descriptive statistics value) descriptive statistic, descriptive measure 基本統計量 定義 要約統計量とは生データを要約するための「関数...
記述統計(1変数)Stevensの４つの尺度水準（尺度の分類）
Stevens(1946)は尺度(scale)を４つの水準(level)に分類した。尺度をそれが含む情報量によって４種類に分類したものである。 低水準尺度から高水準尺度の順に以下４つである。 Nominal scale(名義...
{psych}[R] {psych} fa.parallel() : 実データとランダム平行行列のスクリープロットを描画する関数
説明 fa.parallel()は実データ行列（ないしその相関行列）とランダム平行行列のスクリープロットを対比的に描画する関数である。 成分ないし因子数を決定する方法の１つとして、連続する固有値に対するスクリープロット(scree ...
{psych}[R]{psych} fa() : 探索的因子分析を行う
説明 探索的因子分析(Exploratory Factor analysis;EFA)を実行する。MinRes (minimum residual)法 、Principal Axis法, Weighted Least Squares法、M...
{psych}[R]{psych} bfi : 組み込みデータセット
{psych}にはbfiという組み込みデータセットが含まれている。 bfiはInternational Personality Item Pool (ipip.ori.org)から取られた25の自己回答式性格評価項目、2800人分のデータ...
{base}[R]{base} matrix() : マトリックスオブジェクトを生成する
説明 matrix()は与えられた値の集合からマトリックス（行列）オブジェクトをを生成する 使用法 matrix(data = NA, nrow = 1, ncol = 1, byrow = FALSE, dimnames = NUL...
記述統計(1変数)代表値(representative value)
定義 代表値(representative value)とは、１組のデータ（あるいは分布）を代表する１つの数値のことである。データを代表するとは、データの分布の中心的位置を示すことを意味する。 実際に何をもって代表値とするのかに関し...
R言語[R] モデルフィッティング関数、モデリング関数
同義語 モデルフィッティング関数 (model fitting function)、モデリング関数(modeling function) 定義 データに対して統計モデルをあてはめる（あてはめるとは母数を推定すること意味する）関数。 ...