{semPlot} [R]{semPlot} semPaths() : SEMモデルのパス図を描画する関数
説明SEMモデル（あるいは一般線形モデル)に対するパス図を生成する(ggraphを使用してプロットされる)。多数のSEMプログラムおよびパッケージをサポートしている。サポートされているパッケージおよび各パッケージで何がサポートされているかの...
{semPlot} {semTools} [R]{semTools} moreFitIndices() : {lavaan}では計算されないその他の適合度指標を計算する関数
説明lavaan()の実行結果に対する適合度指標はsummary()関数にfit.measures=TRUEという引数を指定することで表示できる。semTools::moreFitIndicies()は{lavaan}パッケージ単体では出力...
因子分析 部分的測定不変性 (partial measurement invariance)
概念部分的測定不変性 (partial measurement invariance)とは、尺度のうちに測定不変性を満たす項目と満たさない項目が混在している状態である。関連測定不変性(measurement invariance)、測定等価...
因子分析 測定不変性(measurement invariance)、測定等価性(measurement equivalence)
同義語測定不変性(measurement invariance)、測定等価性(measurement equivalence)定義測定不変性(measurement invariance)とは尺度(scale)の性質を表す言葉である。即ち、...
因子分析 多群確認的因子分析(multiple-group confirmatory factor analysis ; MG-CFA)
定義研究によっては、異なる群間や、同じ郡の別の時点の潜在因子を比較する必要がある。典型的にはこの比較は潜在因子の平均値の比較によって行われる。ここで注意しなければならないのは、平均の比較はどんなものであれ全て、測度が異なる群間で同様に機能す...
疫学指標(疾病発生) 年齢調整死亡率(age-adjusted mortality rate)
定義年齢調整死亡率とは、対象集団で実測された死亡率(=粗死亡率)を、基準人口での死亡率に換算した値のことである。対象集団の年齢調整死亡率＝Σ (対象集団における年齢5歳階級別粗死亡率 x 基準人口の当該年齢階級の人口) / 基準人口の総数粗...
Rデバッグ [R]{lavaan} cfa() : covariance matrix of latent variables is not positive definiteという警告の原因と対策
cfa()を実行すると以下の警告メッセージが出力されることがある。Warning message:In lav_object_post_check(lavobject) :lavaan WARNING: covariance matrix ...
記述統計(1変数) 要約統計 (summary statistic)
同義語要約統計(summary statistic)、記述統計(descriptive statistic)定義記述統計（要約統計）とは、生データの情報を圧縮し、データの本質を理解しやすい要約情報を生成し表現する手法の総称である。生データそ...
疫学指標(疾病発生) 全生存率 (overall survival rate)
同義語生存率 (survival rate)定義研究対象の人々の中で、（診断あるいは治療開始から）一定の観察期間後経過後に生存している人の割合のこと。生存率＝観察期間経過後の生存者数（人）÷ 観察対象人数（人）観察期間に応じて、5年生存率、...
{graphics} [R]{graphics} pairs() : 散布図行列を描画する関数
説明散布図行列を描画する使用法# (1) 引数にデータフレームを渡す場合pairs(x, ...)# (2) 引数にformulaオブジェクトを渡す場合(S3 method for class 'formula')pairs(formula...
{stats} [R]{stats} cor() : 相関係数を計算する関数
説明cor()は相関係数を計算する関数である。x,yがともにベクトルの時はxとyの相関係数を計算する。xとyが行列の時は、xの列とyの列の相関係数を計算する。使用法cor(x, y = NULL, use = "everything", m...
マネー辞典 建蔽率
同義語建蔽率（建ぺい率、けんぺいりつ）定義建ぺい率＝建物面積÷敷地面積地域ごとに30% - 80%の範囲で建ぺい率の上限値が定められている。即ちこの上限値以上の建ぺい率の面積の建物は、自分の土地の中であろうと建てることができない。
{base} [R]{base}rep() : ベクトルあるいはリストの要素を繰り返す関数
説明base::rep()はベクトルあるいはリストの要素を繰り返す(＝複製を作成する)関数である。ジェネリック関数(generic function)である。内的なデフォルトメソッドを以下に解説する。使用法(通常)# 指定した要素xをtim...
{base} [R]{base} row.names() : データフレームの列名を(文字型ベクトルとして)取得または設定する関数
説明全てのデータフレームには必ず行名属性(row names attribute)が存在する。行名属性は（長さ＝データフレームの行数）の文字ベクトルであり、値の重複や欠損は存在しない。便宜上、row.names()はジェネリック関数となって...
共分散構造分析 共分散構造分析において潜在変数（因子）を使うメリット
共分散構造分析において潜在変数（因子）を使うメリットは主に３点ある。 単なる項目の合計点の代わりに因子を使用することによって、相関の希薄化を免れることができる 因子を使用することによりモデルの自由度が上がり、飽和モデルを回避することによって...
モデル選択 飽和モデル(saturated model)
定義飽和モデル(saturated model)とは、全ての主効果に加え、考えられる全ての交互作用を含むモデルのことである。考えられる全ての交互作用の次数に制限はない（２次、３次・・・）。飽和モデルは自由度０のモデルと言うこともできる。単回...
定義と測定 多重操作(multiple operation)
定義多重操作(multiple operation)とは、多種類の操作を組み合わせることによって、研究対象の構成概念の正しい測定を実現することである。１つだけで完全に構成概念を測定可能な操作（＝完全に純化された操作）というのは現実的にはほと...
因果関係 純化(purification)
定義純化(purification)とは、１つの操作ができるだけ１つの構成概念だけを測定（代表、翻訳）するようにさせる作業のこと。以下に概念図を示す。
心理学辞典 内観(introspection)：心理学における
定義内観(introspection)とは、(1) 自分で自分の意識（内面）を観察する行為であり (2)その行為によって得られる自己の内面に対する直観のことである。外側から観察することが不可能な心理プロセスの研究においては重要な研究手段であ...
定義と測定 操作的定義(operational definition)
概念操作的定義(operational definition)とは、構成概念をその測定操作によって測定されるもの、とする定義のことである。例えば学力とは学力テストで測定されるもの、幸福感とは幸福度尺度で測定されるもの、という具体の定義である...
定義と測定 補助仮説（補助仮定）
同義語補助仮説 auxiliary hypothesis、補助仮定 auxiliary assumption定義（研究の対象となっている）構成概念に対し、これを測定するための操作(＝手続き）が正しく対応しているという仮説。補助仮説は構成概念...
WordPressプラグイン WP QuickLaTex : WordPressで数式を表示するためのプラグイン
WordPressで数式を表示するにはプラグインを使用する必要がある。おそらく一番有名なのはJetPackの１機能であるBeautiful Math with Latexである（機能的に優れいてるというよりはJetPackの一部として勝手に...
自宅サーバー 自宅サーバーのためのハードウェア
自宅サーバーを構築するためのオススメ ハードウェアを紹介しようと思う。紹介するものは全て自腹で自宅で検証済である。PC本体自宅サーバーに求められるのは何より省スペース、省エネ、静音である。これら３条件を満たさないPCを365日24時間電源を...
2次予防(検診) ５がん検診の感度、特異度、死亡率減少効果まとめ
５がん検診の感度、特異度および死亡率減少効果について、がん情報サービスが公開しているデータを整理した。がん情報サービスは、国立がん研究センターがん対策情報センターが運営するサイトであり、事実上、日本政府の公式見解と考えてよいであろう。がん検...
疫学指標(因果的効果) リスク比 (risk ratio : RR)
同義語リスク比 、risk ratio : RR定義リスク比(risk ratio) = 曝露群のリスク(R1) / 非曝露群のリスク(R0)曝露群が結果を生じる可能性が、非曝露群の何倍かを示す数値である。リスク比とオッズ比リスク比はコホー...
Web 疫学のWeb情報源
人口統計日本の人口統計疫学用語ボストン大学公衆衛生教室のWayne W. LaMorte氏によるチュートリアル
疫学指標(疾病発生) person-time（人時間、人年、人月、人日）
語の整理person-time（人時間）、person-year(人年)、person-month(人月)、person-day(人日)定義人時(person-time)とは、１人１人の観察時間の総和である。人年(person-year)が...
疫学指標(疾病発生) リスク集団 (population at risk)
定義関心のあるアウトカムを発生する可能性のある人々の集団のこと。既にアウトカムを発生してしまった人、発生する可能性が皆無である人は含まれない。臨床研究においては観察対象集団となる。リスク集団のサイズ(人数)は発生割合の分母となる。
疫学指標(疾病発生) 平均有病期間(average duration of disease)
同義語平均有病期間、平均罹病期間、average duration of disease定義有病期間はある疾病に罹患している期間である。平均有病期間(average duration of disease)はある集団における有病期間の平均値...
Word [Word](2013) リンク貼り付けとは？（ハイパーリンクとの違い）
Wordは「リンク（貼り付け）」と「ハイパーリンク」という２つの別の機能をサポートしています。紛らわしいですが別物なので要注意です。Wordのハイパーリンクはインターネットのハイパーリンクと同じものです。ある文字列をクリックすると、別のペー...
疫学指標(検査・診断) 検査後確率(post test probability)
同義語検査後確率 post test probability, post test risk事後確率 posterior probability（ベイズ統計学の用語）陽性的中率、陰性適中率（それぞれ検査後確率の１種）定義検査後確率は臨床検索...
疫学指標(検査・診断) 検査前確率 (pretest probability)
同義語検査前確率 pretest probability，pretest risk事前確率 prior probability（ベイズ統計学の用語）有病率 prevalence proportion（概念的な同義語ではないが、実際には検査前...
疫学指標(検査・診断) 陰性適中率 (Negative predictive value ; NPV)
同義語陰性適中率，陰性適中度，陰性的中率，陰性的中度，陰性反応適中率，陰性反応適中度，陰性反応的中率，陰性反応的中度、陰性予測率，陰性予測度，陰性予測値，無徴正診率上記の通り同義語が夥しい。「陰性予測値」が英語の直訳であろう。上記バリエーシ...
疫学指標(検査・診断) 陽性適中率 (Positive predictive value ; PPV)
同義語陽性適中率，陽性適中度，陽性的中率，陽性的中度，陽性反応適中率，陽性反応適中度，陽性反応的中率，陽性反応的中度，陽性予測率，陽性予測度，陽性予測値，有徴正診率上記の通り同義語が夥しい。「陽性予測値」が英語の直訳であろう。上記バリエーシ...
{lavaan} [R]{lavaan} inspect() : あてはめたlavaanオブジェクトから情報(見たい情報のみを)を抽出する
DescriptionlavInspect() および lavTech() 関数はあてはめられたlavaanオブジェクトから指定した情報を抽出する関数である。注意：古いS4のinspect()メソッド は現在は、デフォルトの引数指定付きの ...
{semTools} [R]{semTools} measurementInvariance() : 多母集団の確認的因子分析においてモデルの測定の不変性を検定する
説明典型的なモデル比較のための検定を使用して、グループ間の測定の不変性(measurement invariance)を検定する。使用法measurementInvariance(モデル式, data=データフレーム, group="グルー...
1次予防(発生予防) がんの原因となる感染症
いくつかのがんでは感染症が原因となることが知られている。原因となる微生物がんヘリコバクター ピロリ菌胃（非噴門部）、胃MALTリンパ腫ヒトパピローマウィルス(HPV)子宮頸部、外陰部、膣、口腔、中咽頭、肛門、陰茎B型・C型肝炎ウィルス肝臓エ...
1次予防(発生予防) 飲酒とがん
飲酒による発がん飲酒量が増えると発がんリスクが高まる（純エタノール23g未満の群に比べ、46g以上で40%、69g以上で60%発がんリスクが高まる)。女性の方が体質的にアルコールの影響を受けやすく、より少ない量で発がんリスクが高まる。飲酒は...
がんの生物学 良性と悪性の違い
良性、悪性は腫瘍の性質を区別するための言葉である。要するに腫瘍がその場で大きくなるだけか、周囲の組織を破壊し全身の他の部位にまで転移しうるのかの違いである。良性(benign)：がん性(cancerous)ではないこと。良性腫瘍はサイズが増...
がんの生物学 がん、ガン、癌の違い
ひらがなとカタカナのがんとガンは同じ意味である。これらはある種の疾患の総称である。漢字の癌はがんの１種である。がん、ガン(cancer)：細胞が異常に分裂し、周囲の組織に浸潤する疾患のこと。がん細胞は血流あるいはリンパ流にのって全身の他の部...
がんの生物学 腫瘤(mass)、腫瘍(tumor)、嚢胞(cyst)の違い
腫瘤(mass) ： 体の中にできた塊のこと。特定の形に限定されない。細胞の異常増殖、嚢胞、ホルモンの変化、免疫反応などによって生じる。腫瘤は良性（非がん）または悪性（がん）である。腫瘍(tumor)：体組織が異常に増殖した塊。細胞が本来あ...
記述統計(1変数) 要約統計量 (descriptive statistic)
同義語記述統計量(descriptive statistics value) descriptive statistic, descriptive measure基本統計量定義要約統計量とは生データを要約するための「関数」である。「代表値」...
記述統計(1変数) Stevensの４つの尺度水準（尺度の分類）
Stevens(1946)は尺度(scale)を４つの水準(level)に分類した。尺度をそれが含む情報量によって４種類に分類したものである。低水準尺度から高水準尺度の順に以下４つである。 Nominal scale(名義尺度) Ordin...
{psych} [R] {psych} fa.parallel() : 実データとランダム平行行列のスクリープロットを描画する関数
説明fa.parallel()は実データ行列（ないしその相関行列）とランダム平行行列のスクリープロットを対比的に描画する関数である。成分ないし因子数を決定する方法の１つとして、連続する固有値に対するスクリープロット(scree plot)を...
{psych} [R]{psych} fa() : 探索的因子分析を行う
説明探索的因子分析(Exploratory Factor analysis;EFA)を実行する。MinRes (minimum residual)法 、Principal Axis法, Weighted Least Squares法、Max...
{psych} [R]{psych} bfi : 組み込みデータセット
{psych}にはbfiという組み込みデータセットが含まれている。bfiはInternational Personality Item Pool (ipip.ori.org)から取られた25の自己回答式性格評価項目、2800人分のデータであ...
{base} [R]{base} matrix() : マトリックスオブジェクトを生成する
説明matrix()は与えられた値の集合からマトリックス（行列）オブジェクトをを生成する使用法matrix(data = NA, nrow = 1, ncol = 1, byrow = FALSE, dimnames = NULL)引数da...
記述統計(1変数) 代表値(representative value)
定義代表値(representative value)とは、１組のデータ（あるいは分布）を代表する１つの数値のことである。データを代表するとは、データの分布の中心的位置を示すことを意味する。実際に何をもって代表値とするのかに関して１つの決定...
R言語 [R] モデルフィッティング関数、モデリング関数
同義語モデルフィッティング関数 (model fitting function)、モデリング関数(modeling function)定義データに対して統計モデルをあてはめる（あてはめるとは母数を推定すること意味する）関数。統計解析の様々な...
{stats} [R]{stats} coef() : モデルオブジェクトから係数を抽出するジェネリック関数
説明coef()はモデリング関数の返すオブジェクトからモデルの係数情報のみを抽出するジェネリック関数である。coefficient()はcoef()のエイリアス（別名）である。使用法coef(object, ...)coefficients...