3次予防(治療) 去勢抵抗性前立腺がん(castration resistant prostate cancer)
定義去勢抵抗性前立腺がん(castration resistant prostate cancer)とは、アンドロゲン遮断療法（Androgen-deprivation therapy : ADT）に耐性を獲得した前立腺がんのことである。C...
3次予防(治療) 3次予防(治療) アンドロゲン遮断療法（Androgen-deprivation therapy : ADT）
定義アンドロゲン遮断療法（Androgen-deprivation therapy : ADT）とは、前立腺がんに対するホルモン療法のこと。前立腺がんはアンドロゲンを餌にして増殖する。ADTはこの餌であるアンドロゲンを体内からなくす、いわば...
逆引き辞典（機能別索引） [R][逆引き] ヘルプの活用
Rのヘルプ活用Rでは関数、オブジェクトなどのヘルプを参照するには? 関数名、? オブジェクト名、などとすればよい。?はhelp()関数のショートカットである。{utils} help() : Rの組み込みヘルプを表示する関数→【関連】 RS...
逆引き辞典（機能別索引） [R][逆引き] データフレームの操作
データフレームのデータを操作する既存のデータフレームに行を追加するにはrbind()、列を追加するにはcbind()を使用する。２つのデータフレームに結合処理を行うのがmerge()である。データフレームから指定した条件にあう行、列のみを選...
{base} [R]base::with() : dataから構築された環境内でRの式を評価する関数。可能ならオリジナルデータのコピーを変更する。
Descriptionデータから構築された環境内でRの式(expression)を評価する。可能ならオリジナルデータ（のコピー）を変更する。使用法with(data, expr, ...)within(data, expr, ...)引数d...
{epi} [R]epi::Lexis : 集団ベースの経過観察研究のデータを表現するオブジェクト
Lexisオブジェクトは集団ベースの経過観察研究のデータを表現するオブジェクトであり、データフレームをもとにLexis()関数で構築する。いったんLexisオブジェクトを構築してしまいさえすれば、以後はこのオブジェクトに対して用意されている...
プロジェクト（乳癌） [論文] Second nonbreast malignancies after conservative surgery and radiation therapy for early-stage breast cancer. 早期乳がんBCT後の二次がん SEERとの比較
原題Galper S, Gelman R, Recht A, Silver B, Kohli A, Wong JS, et al. Second nonbreast malignancies after conservative surge...
数学用語（補遺） 恒等変換(identity transformation)
定義恒等変換(identity transformation)とは変換しても座標が移動しない変換のこと。１（太字）と表記する。関連逆変換(inverse transformation)
数学用語（補遺） 逆変換(inverse transformation)
定義逆変換とは、行列Ａを表現行列とする変換fに対して、逆行列A-1を表現行列とする変換である。関連表現行列(representation matrix)
医学論文（抄読） [論文] Milestones timeline : Nature Milestones in Cancer
原文Milestones timeline : Nature Milestones in CancerまとめMilestone 9 1950-60年代の多くの研究から、複数の、おそらくわずか２つの、遺伝的 and/or 体細胞的変異がRB、...
数学用語（補遺） 合成変換
定義合成変換とは、２つ以上の変換を連続して行う場合に、これらの一連の変換をまとめて１つの変換として考えたものである。変換f、変換gを連続して行う合成変換はg〇fと表現する。関連変換逆変換恒等変換
プロジェクト（乳癌） [論文] Risk of second primary cancer in the contralateral breast in women treated for early-stage breast cancer: A population-based study. SEERに基づく早期乳癌治療後のCBCのリスク因子の検討
原文1. Gao X, Fisher SG, Emami B. Risk of second primary cancer in the contralateral breast in women treated for early-sta...
数学用語（補遺） 変換(transformation) : 座標平面上の
定義座標平面上の変換とは、平面上の任意の点を、平面上の１点に対応させる（移動させる）規則のことである。変換fにより点Pが点P'に移動することをf:P→P' あるいは f(P)→P'と表記する。点P'は「点Pの変換fによる像」と呼ぶ。関連線形...
数学用語（補遺） 転置行列の性質（計算規則）
転置行列の性質（計算規則）として以下が知られている。$$^{ t }{ { (^{ t }A) }=A }$$$$^{ t }{ { (A+B) }=^{ t }A+^{ t }B }$$$$^{ t }{ { (kA) }=k^{ t }...
数学用語（補遺） 線形変換(linear transformation)
定義線形変換とは、線形性を持つ変換のことである（変換には線形変換と非線形変換がある）。線形性とは２つのベクトルx,yと実数kに対して以下２つの性質が成り立つ変換のことである。f(x+y) = f(x) + f(y)f(kx) = kf(x)...
数学用語（補遺） 表現行列(representation matrix)
定義表現行列とは線形変換を表す行列のことである。線形変換をf、表現行列をA、移動させる点をXとするとf(x) = Axである。関連線形変換(linear transformation)
{graphics} [R]graphics::curve() : （数学）関数のグラフを描く関数
説明範囲に対応する関数のグラフを描く。curve()は変数 xname（デフォルトはx)の式(expression)をプロットすることもできる。使用法curve(expr, from = NULL, to = NULL, n = 101, ...
{base} [R]base::merge() ２つのデータフレームを水平マージする関数
説明２つのデータフレームをマージする。マージする基準は共通する列名、共通する行名、あるいはその他のデータベース結合(join)操作を指定可能である。使用法データフレームxとデータフレームyを結合する。merge(x, y, ...)merg...
{popEpi} [R]popEpi::popmort : 年齢と性別で層別化されたフィンランド人1951-2013年の死亡統計
説明Population mortality rates in Finland 1951 - 2013 in 101 age groups and by gender形式列を伴うdata.table列sex コード化された性別。男、女(0,...
離散分布 ベルヌイ分布(Bernoulli distribution)
確率質量関数f(x|θ) = θ^x(1-θ)^(1-x) , x=0,1θ:成功率、X:成功or失敗平均と分散E=θV=θ(1-θ)
{popEpi} [R]popEpi::lexpand()：１人１行形式のデータを、指定した時間間隔で複数行に分割したり、その分割結果を任意の変数で集計する関数
説明popEpi::lexpand()：１人１行形式のデータを、指定した時間間隔で複数行に分割したり、その分割結果を任意の変数で集計する関数以下はこの関数を使用するための最小限のエッセンスのみを紹介する。特別予約語lexpandの中ではfo...
{popEpi} [R]popEpi::sire : フィンランド人女性直腸がん患者コホートのシミュレーションデータ
説明sireは、1993-2012年に診断されたフィンランド人女性直腸がん患者コホートのシミュレーションデータである。実際のオリジナルデータの代わりに、幾つかのタイムウィンドウにおいてランダム化により日付をマスクしている。sireはpopE...
プロジェクト（乳癌） [論文] Relation of risk of contralateral breast cancer to the interval since the first primary tumour.
原題Rubino C, Arriagada R, Delaloge S, Lê MG. Relation of risk of contralateral breast cancer to the interval since the fi...
モデル選択 提案モデル(proposed model)
同義語reduced model（還元モデル？）、proposed model(提案モデル？）いずれも邦訳は定まっていないため試訳である。定義提案モデル(proposed model)とは、説明変数の候補のうち一部のみを使用したモデルのこと...
モデル選択 逸脱度(deviance)
同義語残差逸脱度(residual deviance)定義逸脱度(deviance)はモデルの当てはまり具合(quality-of-fit)を表す統計量である。逸脱度はDと表記されることが多い。逸脱度D = -2 x log(尤度比λ)= ...
モデル選択 尤度比(likelihood ratio)
定義尤度比(likelihood ratio)λとは以下の式で定義される数値である。λ = パラメータ空間Ωの部分空間ω上での尤度関数の最大値 ÷ パラメータ空間Ω上での尤度関数の最大値0 <= λ <=1の間の数値を取る。関連尤度(lik...
仮説検定 連の検定(runs test)
同義語ラン検定、連の検定、runs test定義連の検定(runs test)とは、以下の仮説に対するノンパラメトリック検定である。帰無仮説H0：データの列はランダムである対立仮説H1：データの列は時間経過に依存している連とはrunの略語で...
数学用語（補遺） 余因子行列(cofactor matrix)
定義余因子行列(cofactor matrix)とは、任意の正方行列Aに対して、その各成分の余因子を成分とする行列のことである。例として３次の正方行列Aに対する余因子行列を以下に示す。$$\tilde { A } =\begin{pmatr...
数学用語（補遺） 逆行列(inverse matrix)
定義逆行列(inverse matrix)とは、n次正方行列Aに対して、Iをn次単位行列とする時、AB = I = BAを満たすn次正方行列Bである。逆行列は存在する場合と、存在しない場合がある。表記Aの逆行列は、A-1と表記する。計算方法...
数学用語（補遺） 余因子展開(cofactor expansion)
定義余因子展開とは、余因子(cofactor)を利用して、行列式を求める計算操作のことである。逆行列を求めたい行列Bが存在する時、余因子展開では任意の１行ないし１列に着目し、その１行ないし１列に対して余因子展開を行う。例えば第１行に着目した...
数学用語（補遺） 余因子(cofactor)
定義余因子(cofactor)とは、行列Aの任意の１成分aijに対して以下の式で定義されるスカラーCijである。$${ C }_{ ij }={ (-1) }^{ i+J }{ M }_{ ij }$$ここでMijは行列Aの(i,j)小行列...
数学用語（補遺） 斉次連立一次方程式
同義語同次連立一次方程式読み方せいじれんりついちじほうていしき定義整理連立維持方程式とは定数項が全て０である連立一次方程式のことである。例えば以下のようなものである（右辺が全て0）。$$\left\{ \begin{matrix} 2x+y...
プロジェクト（乳癌） [論文] Annual Hazard Rates of Recurrence for Breast Cancer During 24 Years of Follow-Up: Results From the International Breast Cancer Study Group Trials I to V.乳がん追跡24年の長期予後
Colleoni M, Sun Z, Price KN, Karlsson P, Forbes JF, Thürlimann B, et al. Annual Hazard Rates of Recurrence for Breast Ca...
仮説検定 オムニバス検定(omnibus test)
同義語オムニバス・テスト(omnibus test)、グローバル検定(global test), overall test定義オムニバス検定(omnibus test)とは、３つ以上の群がある時に、考えられる全ての群の組み合わせ（例えば3群...
漢方薬辞典 人参剤（にんじんざい）
定義人参剤は人参を主薬とする漢方薬の総称である。代表的製剤に、人参湯（これは人参のみから成る）、大建中湯、六君子湯、四君子湯などがある。関連補剤（ほざい）
漢方薬辞典 駆瘀血剤（くおけつざい）
定義駆瘀血剤（くおけつざい）とは瘀血（おけつ）を治療するための漢方薬の総称である。具体的には、桂枝茯苓丸、桃核承気湯、当帰芍薬散などがある。駆瘀血剤の選択便秘の有無や、下腹部の臍の近傍の抵抗や圧痛パターンに基づいてなされる。なお瘀血の存在を...
3次予防(治療) 乳がんのサブタイプ（亜型）
定義乳がんのサブタイプ（亜型）とは、乳がん細胞のマイクロアレイ分析による遺伝子発現プロファイリングにより乳がんを分類したものである。luminal A、luminal B、HER-2、basalの４型に分類するのが一般的である。ホルモン受容...
プロジェクト（乳癌） [論文] Breast Cancer Subtype Approximated by Estrogen Receptor, Progesterone REceptor, and HER-2 Is Associated With LOcal and Distant Recurrence After Breast-Conserving Therapy. BCT後局所再発を乳がんサブタイプごとに解析した論文
Breast Cancer Subtype Approximated by Estrogen Receptor, Progesterone REceptor, and HER-2 Is Associated With LOcal and D...
{car} [R]car::vif() : VIF（分散拡大要因)を計算する関数
説明線形モデルおよび一般化線形モデルに対するVIFおよび一般化VIFを計算する使用法vif(mod, ...)引数mod : coef、vcov、model.matrixに対応するオブジェクト(lm、glmオブジェクトなど)... : 使用...
プロジェクト（乳癌） Statistical controversies in clinical research: long-term follow-up of clinical trials in cancer.がん治療の評価には長期の経過観察が重要
出典1. Cuzick J. Statistical controversies in clinical research: long-term follow-up of clinical trials in cancer. Annals ...
数学用語（補遺） 三角行列(triangular matrix)
定義三角行列（Triangular matrix）とは対角成分(main diagonal)の左下あるいは右上の全てがゼロである正方行列(square matrix)の総称である。左下成分がゼロの場合を上三角行列、右上成分がゼロの場合を下三...
数学用語（補遺） 行列式(determinant)
定義行列式は正方行列に対して定義される量であり、当該の正方行列による線型変換によって空間の体積要素が何倍に変わるかを示すものである。空間の拡大率/縮小率のようなものである。行列式の表記表記法１$$\left| A \right|$$表記法２...
数学用語（補遺） 階数(rank)
定義階数(rank)とは階段行列において0でない成分を含む行の数のことである。行列Aの階数はrank Aと表記する。関連階段行列
数学用語（補遺） 階段行列(echelon form)
定義階段行列とは、行列の各行を上から下に順に見た場合に、左端から右端方向に連続して並ぶ0の数が、上の行より下の行の含む0の数が多いか等しいという形式を満たす行列のことである。階段行列においてはある行より下は全ての成分が0という場合もある。関...
数学用語（補遺） 単位行列(identity matrix)
定義単位行列(identity matrix)とは全ての対角成分が1である対角行列(diagonal matrix)である。n次正方行列Aに対して、AEn=EnA=Aを満たす行列Enをn次の単位行列と呼ぶ。$${ E }_{ n }=\be...
数学用語（補遺） 対角行列(diagonal matrix)
定義対角行列(diagonal matrix)とは、対角成分(main diagonal)以外の成分が全て0である正方行列(square matrix)である。対角行列の例単位行列は対角行列である。関連正方行列(square matrix)...
数学用語（補遺） 零行列（ぜろぎょうれつ ; zero matrix)
同義語零行列（ぜろぎょうれつ、れいぎょうれつ、zero matrix, null matrix）定義零行列(zero matrix)とは成分が全て0の行列である。行列の型（＝行数、列数）は問わない。関連単位行列
数学用語（補遺） 対角成分(main diagonal)
同義語対角成分、主対角成分(main diagonal, leading diagonal)定義対角成分とは正方行列(square matrix)の成分のうち、行のインデックスと列のインデックスが等しい成分の総称である。即ち、正方行列の成分...
数学用語（補遺） 正方行列(square matrix)
定義正方行列(square matrix)とは行数と列数が等しい行列のことである。即ちnxn行列である。nxnの正方行列を「n次正方行列」と呼ぶ。正方行列の例三角行列(triangular matrix)対角行列(diagonal matr...
数学用語（補遺） ベクトルの内積
定義ベクトルの内積とは以下の２つのベクトルに対して、$$\left( \begin{matrix} { a }_{ 1 } \\ { a }_{ 2 } \\ \vdots \\ { a }_{ n } \end{matrix} \righ...