R言語[R] 予約語 (reserved words)
予約語(reserved words)とは、R言語の仕様として予め特別な意味と役割が定められた文字列のことである。予約語はユーザーが定義する関数名、変数名などとしては使用できない。 具体的には以下の予約語がある。 if else rep...
R辞典
R言語{graphics}[R]{graphics} hist() : ヒストグラム（頻度表）を描画する関数
説明 graphics::hist()は指定されたデータを元に頻度表を計算するジェネリック関数である。 通常の使用法 とにかく頻度表を作成するには、以下のように記述すればよい。 hist(頻度表を作成するデータのベクトル) 頻度表...
{graphics}[R]{graphics} par() : グラフィカル・パラメータの設定あるいは取得
説明 graphics::par()を使用するとグラフィカル・パラメータの設定あるいは取得をすることができる。グラフィカル・パラメータはpar()に対する引数として指定する。その際の引数は、(1)タグ＝値という形式、(2) タグ＝値を１要...
{base}[R]{base} rowMeans() : データフレームの複数行の行平均を一括計算する
説明 データフレームやマトリックに対して、複数行の行平均を一発で計算する。 使用法（通常） 欠損値を除外して平均値を算出する場合 rowMeans(データフレーム、na.rm = TRUE) 欠損値を除外しない場合（＝欠損値を含む...
{psych}[R]{psych} describeBy() : グループごとに要約統計量を出力する関数
説明 グルーピング変数ごとに要約統計を出力する。 使用法（通常） describeBy(データフレーム、グルーピング変数) 使用法（詳細） describeBy(x, group=NULL,mat=FALSE,type=3,dig...
{base}[R] {base} library()とrequire() : パッケージを読み込む
説明 base::library()とbase::require()は共に、Rのアドオン・パッケージを読み込む。 パッケージを読み込むという点では両関数の機能は同じである。違いは、require()は他の関数の内部で使用する目的でデザイ...
R言語[R] 前方乗算方式 (pre-multiplication)
「係数(パラメータ) x 変数」の形でモデル式を記述する、モデル式の構文の１種。 Rでは{lavaan}、{lm}、{lme4}、{psych}、{survival}など多くのパッケージで使用されている。
{lavaan}[R]{lavaan} summary() : lavaanのモデルを出力する
使用法 summary(lavaanのfitオブジェクト,...) summary(object = "lavaan", header = TRUE, fit.measures=FALSE, estimates =TRUE, ci = ...
{lavaan}[R]{lavaan} cfa() : 確認的因子分析を実行する関数
説明 lavaan::cfa() は確認的因子分析を実行する関数である。正確にはモデル式の全てをコントロール可能な低レベル関数であるlavaan:lavaan()のいくつかのパラメータを、通常の確認的因子分析で使用されるものに自動設定して...
{stats}[R] {stats} factanal() : R本体だけで探索的因子分析を実行できる関数
説明 stats::factanal()は探索的因子分析を実行する関数である。対象となるデータは分散共分散行列あるいはデータ行列である。推定法は最尤推定法である。 stats::factanal()の強み 追加パッケージをインストール...
{psych}[R] {psych} descibe() : 記述統計を一括出力する関数（＝summary()の心理学用強化版）
説明 Rには要約統計を出力するための関数がたくさんある(例えばsummary()やhmisc::describe()など)。psych::describe()は古典的な計量心理学における尺度構成および項目分析のために最も有用な要約統計を出...
{base}[R]{base} summary() : オブジェクトの情報を要約して出力するジェネリック関数
説明 base::summary()は、様々なモデルあてはめ関数の結果オブジェクトの情報を要約した出力を生成するジェネリック関数である。 使用法 summary(object, ...) 返り値 ジェネリック関数であるため返り値は...
R言語[R] 論理演算子
演算子 意味 用例 && かつ(スカラー) (1==1) && (1==2) || または(スカラー) (1==1) || (1==2) & かつ(ベクトル) (c(1,1,1) =...
R言語[R] ジェネリック関数(generic function)とは何か？
定義 ジェネリック関数(generic function)とは、渡される引数のクラスに応じて、自分自身（＝generic function）のために予め定義された複数のメソッドからいずれかを選んで実行する関数のことである。 即ち、「関数...
{psych}[R]{psych} alpha() : 内的整合性信頼性の指標であるクロンバックα係数などを出力する
説明 psych::alpha()は信頼性の１種である内的整合性信頼性(internal consistency reliability)の指標を出力する関数である。具体的には以下の内容を出力する。 クロンバックのα係数(Cro...
{stats}[R] {stats} 確率関数まとめ
命名規則 Rの確率関数は一定の規則で命名されている。即ち関数名の１文字目(d,p,q,r)が関数の種別を表し、その後に確率分布名(xxxxx)が続く。 dxxxxx 確率密度関数 確率分布そのものを返す pxxxxx 確率分布...
{utils}[R] {utils} head() オブジェクトの先頭の一部を表示させる
説明 utils::head()は、ベクトル、マトリックス、テーブル、データフレームあるいは関数の最初の部分を返す関数である。 構文 head(x, n = 6L,...) 引数 x 先頭部分を返すオブジェクト。 n 整...
{deal}[R] {deal} ベイジアン・ネットワークの構築
Rのdealパッケージを使用してベイジアンネットワークを構築するためのソースの最小構成（スケルトン）を示す。 library(deal) net1 <- network(df1) # 初期ネットワークオブジェクトを作成する。df1 ...
{lavaan}[R] {lavaan}におけるモデル式の記述方法
{lavaan}を使いこなすにはモデル式を自由自在に記述できることが重要である。 モデル式は通常、回帰式の定義、潜在変数の定義、分散と共分散（共変関係）の定義、切片の定義からなる。 モデル式の記述に使用するオペレータ 以下のモデル...
{lavaan}[R] {lavaan}における推定法のオプション
パッケージlavaanには共分散構造分析を実行する関数として、sem()、cfa()、growth()、lavaan()が用意されている。またこれらの関数で共通して指定できる、推定法のオプションが用意されている。 基本的な推定法の選択ルー...
{lavaan}[R] {lavaan} lavaan()、sem()、cfa()、growth()の違い
パッケージ{lavaan}には共分散構造分析を実行する関数として、lavaan()、sem()、cfa()、growth()、が用意されている。 これら４関数の関係を要約すれば、lavaan()が原型であり、その他3関数は、特定の状況でよ...
{survival}[R] {survival} summary.km()の出力の読み方
summary.km()を実行すると以下のような出力が得られます。 time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI 2.0 113 1 ...
{graphics}[R] {graphics} persp() : ３次元図を作成（プロット）する関数
Rで３次元図を描画するためには常套句がある。 # Rにおける3次元プロットの常套句 x <- seq(0, 10, 0.5) y <- seq(-5, 5 ,0.5) f <- function(x,y){ 10+...
{utils}[R] {utils} data() 組み込みデータセットを扱う関数
Rには組み込みデータセット（要するにサンプル・データ）が用意されている。utils::data()関数を使用することでデータセットの一覧を取得したり、使用したいデータセットを読みこんだりすることができる。 # 利用可能な全てのデータセット...
{psych}[R]{psych} ICC()で級内相関係数を計算する方法：どんな形式のデータを渡せばいいのか？
RではpsychパッケージのICC()関数を使用して級内相関係数を計算できる。 psychのICC()の公式説明ヘルプには以下のスクリプト例が紹介されている。 sf <- matrix(c(9, 2, 5, 8, ...
{lme4}[R] {lme4} lmer()を使用して最小モデルのICCを計算する手順
Rではlmer()を用いてマルチレベル分析を実行できる。 マルチレベル分析では最初に最小モデルの級内相関係数(ICC)を計算し、その値に基づいてマルチレベル分析に進むかどうかを決定する。 以下にlmer()の出力とそれを元にIC...
{base}[R] {base} prop.table() : 相対頻度表を作成する関数
概要 集計表がある時、各セルを周辺度数に対する割合に変換した表を作成するためにRでは{base}パッケージのprop.table()関数を使用する。 # 構文 prop.table(x, margin = NULL) 引数 x...
{utils}[R]{utils} sessionInfo() : Rのバージョン、OS情報、アタッチまたはロードされているパッケージの情報を表示する関数
現在のRセッションに関する情報、具体的には、Rのバージョン、OS情報、アタッチまたはロードされているパッケージの情報を表示するには{utils}パッケージのsessionInfo()関数を使う。以下に実行例を示す。 > sessio...
{lme4}[R] {lme4} lmer() 混合効果モデルをデータにあてはめる関数
ランダム切片モデル lmer(目的変数~説明変数+(1 | グループを表す変数), REML=FLASE) ランダムスロープモデル lmer(目的変数~説明変数+(1+ランダムスロープを想定する説明変数 | グループを表す...
R言語[R] 順列、組み合わせを計算する方法
驚くべきことに、Rには順列／組み合わせを計算する組み込み関数はない。 従ってRで順列／組み合わせを計算するには、自作関数を書き下ろすか、既存パッケージを利用する必要がある。 順列／組み合わせを計算できるパッケージは複数存在する。...
RStudio[R] RStudio + Gitで必要なファイルだけバージョン管理する方法
Gitはデフォルトではフォルダ内の全ファイルがバージョン管理の対象である。一部のファイルのみを管理対象とするためにgitignoreという仕組みがある。 RStudioとGitを連携してバージョン管理する場合もこの仕組を使って必要ファイル...
R言語[R] 変数名、関数名に使用可能な文字
Rの変数名、関数名には、文字、数字、ドット、アンダースコア（R1.9.0以降のみ)を使用できる。但し名前の先頭の１文字は、いわゆる文字かドットでなければならない。 上記の記載の根拠はCRANのFAQである。以下、その内容を紐解いてみる。 ...
RStudio[R] RStudioでバージョンコントロールを使用する方法(Git)
R StudioとGitを組み合わせてバージョンコントロールを実現する方法をご紹介したい。OSはWindowsを想定している。 (1) Gitシステムをインストールする Windowsで使用できるGitシステムはいろいろあるがここではS...
RStudio[R] RStudioでスクリプトをソース実行した時と、１行ずつ実行した場合に、出力が異なる場合の対処法
RStduioではスクリプトを実行する方法が２つある。 (1)１行ずつ実行(ボタンをクリックする) (2)一括実行(ボタンをクリックする) １行ずつ実行した場合には、関数の実行結果が必ずコンソールに出力される。 一方、一括実行した場...
Rデバッグ[R] {survival} Surv() : Time variable is not numeric というエラーの原因と対策
原因 survival::Surv()の引数time, time2は数値型であることを要請する。 しかしながらRでread.csv()を使用して日付データを読み込むと、data.frame上はfactor型となる。このままdata....
{survival}[R]｛survival｝ coxph() : cox回帰分析を実行する関数
出力の解釈(注意点) Q. hazard ratioはどこに表示されるのか？ exponential(coef)がハザード比である。即ち介入群/コントロール群のハザードの比である。 coefficient (coef) は...
{MatchIt}[R]{MatchIt} 傾向スコアマッチングを実施する方法
{MatchIt}はRで傾向スコアマッチング（プロペンシティスコアマッチング）を実行するためのパッケージである。 A Step-by-Step Guide to Propensity Score Matching in Rというチュー...