統計解析ソフトR
逆引き辞典（機能別索引）[R]作成したいグラフからRでそれを実行する関数を調べられるサイト
作成したいグラフのイメージ（実例）から、Rでそれを作成する関数を調べられる便利なサイトを紹介したい。 R Graphical Manual The R Graph Gallery RjpWiki グラフィッ...
逆引き辞典（機能別索引）[R][逆引き] 描画関数
{graphics} hist() : ヒストグラム（頻度表）を描画する関数 {graphics} boxplot() : 箱ひげ図を描画する関数 →【関連】{grDevices}boxplot.stats() : 箱ひげ図生成...
{base}[R]base::transform() : データフレームなどのオブジェクトを変形する
説明 base::transform()はジェネリック関数である。現時点ではデータフレームに対してのみ有用である。transform.default()関数は可能であれば第１引数をデータフレームに変換し、 transform.data.f...
逆引き辞典（機能別索引）[R][逆引き] ヘルプの活用
Rのヘルプ活用 Rでは関数、オブジェクトなどのヘルプを参照するには? 関数名、? オブジェクト名、などとすればよい。?はhelp()関数のショートカットである。 {utils} help() : Rの組み込みヘルプを表示する関数 ...
逆引き辞典（機能別索引）[R][逆引き] データフレームの操作
データフレームのデータを操作する 既存のデータフレームに行を追加するにはrbind()、列を追加するにはcbind()を使用する。 ２つのデータフレームに結合処理を行うのがmerge()である。 データフレームから指定した条件...
{base}[R]base::with() : dataから構築された環境内でRの式を評価する関数。可能ならオリジナルデータのコピーを変更する。
Description データから構築された環境内でRの式(expression)を評価する。可能ならオリジナルデータ（のコピー）を変更する。 使用法 with(data, expr, ...) within(data, exp...
{epi}[R]epi::Lexis : 集団ベースの経過観察研究のデータを表現するオブジェクト
Lexisオブジェクトは集団ベースの経過観察研究のデータを表現するオブジェクトであり、データフレームをもとにLexis()関数で構築する。いったんLexisオブジェクトを構築してしまいさえすれば、以後はこのオブジェクトに対して用意されている...
{graphics}[R]graphics::curve() : （数学）関数のグラフを描く関数
説明 範囲に対応する関数のグラフを描く。curve()は変数 xname（デフォルトはx)の式(expression)をプロットすることもできる。 使用法 curve(expr, from = NULL, to = NULL, n =...
{base}[R]base::merge() ２つのデータフレームを水平マージする関数
説明 ２つのデータフレームをマージする。マージする基準は共通する列名、共通する行名、あるいはその他のデータベース結合(join)操作を指定可能である。 使用法 データフレームxとデータフレームyを結合する。 merge(x, y, ...
{popEpi}[R]popEpi::popmort : 年齢と性別で層別化されたフィンランド人1951-2013年の死亡統計
説明 Population mortality rates in Finland 1951 - 2013 in 101 age groups and by gender 形式 列を伴うdata.table 列 sex コード化され...
{popEpi}[R]popEpi::lexpand()：１人１行形式のデータを、指定した時間間隔で複数行に分割したり、その分割結果を任意の変数で集計する関数
説明 popEpi::lexpand()：１人１行形式のデータを、指定した時間間隔で複数行に分割したり、その分割結果を任意の変数で集計する関数 以下はこの関数を使用するための最小限のエッセンスのみを紹介する。 特別予約語 lex...
{popEpi}[R]popEpi::sire : フィンランド人女性直腸がん患者コホートのシミュレーションデータ
説明 sireは、1993-2012年に診断されたフィンランド人女性直腸がん患者コホートのシミュレーションデータである。実際のオリジナルデータの代わりに、幾つかのタイムウィンドウにおいてランダム化により日付をマスクしている。 sir...
{car}[R]car::vif() : VIF（分散拡大要因)を計算する関数
説明 線形モデルおよび一般化線形モデルに対するVIFおよび一般化VIFを計算する 使用法 vif(mod, ...) 引数 mod : coef、vcov、model.matrixに対応するオブジェクト(lm、glmオブジェクトな...
{base}[R]base::apply() : 配列の周辺に関数を適用する関数
説明 配列あるいは行列の周辺に関数を適用し結果として得られた値をベクトル、配列、あるいはリストとして返す。 使用法 apply(X, MARGIN, FUN, ...) 引数 X 配列あるいは行列 MARGIN 関数を適用す...
{stats}[R]stats::quantile() : 標本の分位点を求める関数
概要 quantile()は引数で指定された分位点（0~1の確率で指定する）に対応する標本分位点(sample quantiles)を返すジェネリック関数である。観察された最小値は確率0に、 最大値は確率1に対応する。 使用法 qua...
{graphics}[R]{graphics} boxplot() : 箱ひげ図を描画する関数
説明 与えられた（グループ化された）データから、箱ひげ図（box-and-whisker plot(s)）を作成する。 使用法 # 基本構文 boxplot(x, ...) # S3 method for class 'for...
逆引き辞典（機能別索引）[R][逆引き] 記述統計（要約統計）
要約統計量を計算 stats::quantile() : 標本の分位点を求める関数 mean sd max min stats::fivenum() : データセットの５要約統計量を出力する関数 全体要約関...
{graphics}[R]{graphics}frame() : 新しいプロット・フレームを作成／開始する関数
説明 frame()関数は現在のプロットを完了させ、新しい描画フレームを開始する。 frame()はplot.new()関数の別名である。 本関数は全ての高レベル描画関数で使用されており、複数図の領域が使用されている場合にそれをスキッ...
{base}[R]base::diag() : 対角行列を生成あるいは行列の対角成分を取得/設定する関数
説明 行列の対角成分を抽出あるいは設定する。あるいは対角行列を生成する。 この関数には「詳細」の項で説明されているように４つの全く異なる用法がある。 使用法 diag(x = 1, nrow, ncol) diag(x) &l...
R言語[R] CRANextrasとは何か？
Rのリポジトリの１つに、CRAN (extras)というものがある。 これが何者なのか、Webではわかりやすい説明が見つけられなかったが、R FAQに以下の記述がある。 Some CRAN packages that do not ...
{prob}[R]{prob}union() : 部分集合の和を求める関数
説明 確率空間の部分集合の和集合(union)を計算する 使用法 union(x, y, ...) 引数 x, y : ベクトル、データフレームあるいは概念的にアイテムのシーケンスを含むpsオブジェクト。 詳細 データフレーム...
{base}[R]{base}all() : 論理積を求める関数
説明 論理値型のベクトルを引数に取り、その全て（の要素）がTRUEであるかどうかを判定する関数である。 使用法 all(..., na.rm = FALSE) 引数 ... : 論理型ベクトル。論理型以外の長さゼロのベクトルは...
R言語[R]%in% : ベクトル(y)の各要素がベクトル(x)に含まれるかどうかを判定する演算子
説明 %in%演算子は、2つのベクトルx,yに対して、y %in% xという形で使用する。その意味は、yの各要素について１つずつそれがxの要素でもあるかどうかを判定し、そうであればTRUE、違えばFALSEを返すことである。従って返り値は...
{prob}[R]{prob}urnsamples() : ツボから区別可能な物を標本抽出する実験に対応する標本空間を作成する関数
説明 urnsamples()は、ツボから区別可能な物（例えば色の違うボール）を標本抽出する実験に対応する標本空間を作成する関数である。 使用法 ## S3 method for class 'data.frame' urnsamp...
{prob}[R]{prob}tosscoin() : コイン投げに相当する標本空間を作成する関数
説明 繰り返しコインを投げる（結果は表"H"または裏"T"）に対する標本空間を生成する関数である。 使用法 tosscoin( times, makespace = FALSE ) 引数 times : コインを投げる回数 ...
{grDevices}[R]{grDevices}boxplot.stats() : 箱ひげ図生成に必要な諸統計量を出力する関数
説明 boxplot.stats()は箱ひげ図の生成に必要な諸統計量を計算する関数である。通常は箱ひげ図の描画の際に別の関数から呼び出されて使用されるが、この関数を単体で使用することも可能である。 使用法 boxplot.stats(...
{stats}[R]{stats}fivenum() : データセットの５要約統計量を出力する関数
説明 fivenum()は引数で渡されたデータセットの５要約統計量(Tukey's five number summary)を出力する関数である。 使用法 fivenum(x, na.rm = TRUE) 引数 x : 数値（欠損...
RStudioレボリューションRとマイクロソフトRサーバーとは？
レボルーションRは、米国の米Revolution Analytics社が開発した、既存のRの全スクリプトを実行可能なRとの互換性を保持しながら、パフォーマンス（メモリ制限の撤廃や処理の高速化など）を改善したRの商業的実装のことである。 ...
{base}[R]{base}sort() : １変数をソートする関数
説明 ベクトルあるいは因子を昇順または降順で並び替える。 １変数以上のもの（＝多変数）を並べ替えたい時（例えばデータフレームをソートしたい時など）にはorder()を使用する。 使用法 sort(x, decreasing = ...
{aplpack}[R]{aplpack}stem.leaf() : 幹葉図を描画する関数
説明 古典的（"Tukey-style")な幹葉図を描画する。 使用法 stem.leaf(data, unit, m, Min, Max, rule.line = c("Dixon", "Velleman", "Sturges"),...
{graphics}[R]{graphics}stripchart() : 1次元散布図を描画する関数
説明 stripchart()は引数で指定されたデータに基き、１次元散布図（あるいは１次元ドットプロット）を描画する関数である。これらの図は標本数が少ない場合は箱ひげ図(box plots)のよい代替となる。 使用法 Default ...
{base}[R]{base} diff() : lagged differencesあるいはiterated differencesを計算する関数
説明 ラグド階差(lagged differences)ないし繰り返し階差(iterated differences)を返す。 使用法 Default S3 method: diff(x, lag = 1, differences ...
{coin}[R]{coin} independence_test() : random permutation testを実行する関数
説明 independence_test() は任意の尺度で測定された２群の変数の独立性を検定する関数である。 使用法 S3 method for class 'formula' independence_test(formula,...
{base}[R]{base} by() : データフレームに含まれる各グループごとに集計関数を実行する関数
説明 by()関数は、tapply()をデータフレームに適用するオブジェクト志向のラッパーである。 複数のグループのデータを含むデータセットがある時に、各グループごとに集計関数を実行する関数である。例えば男と女からなるデータがある時...
{stats}[R]{stats}rlnorm() : 対数正規分布に従う乱数を生成する関数
説明 平均＝対数平均、標準偏差＝対数標準偏差である対数正規分布に従う乱数を生成する。 使用法 rlnorm(n, meanlog = 0, sdlog = 1) 引数 n : 生成する乱数の数 meanlog, sdlog : ...
R言語[R] Rprofile.site : R起動時に自動実行されるコマンドを記述するファイル
Rprofile.siteはRの起動時に自動実行されるコマンド（スクリプト）を記述するファイルのことである。 通常Windows環境では、 C:\Program Files\R\etc\ に格納されている。 この他に...
R言語[R] .RData : Rのワークスペースを保存するファイル
Rにはワークスペース（Rのメモリにある全てのオブジェクトとデーターの総称）を保存する機能がある。ワークスペースを保存する場合、.RDataという名前のファイルで保存される。
{base}[R]{utils} help.start() : Rのハイパーテキスト版文書を表示する関数
説明 ハイパーテキスト（現時点ではHTML)版のRオンライン文書を表示開始する。 使用法 help.start(update = FALSE, gui = "irrelevant", browser = getOption("brow...
{base}[R]{base} c() : 複数の引数を１つのベクトルあるいはリストに結合する
説明 c()は引数を結合するジェネリック関数(generic function)である。 デフォルトメソッドは、引数を結合したベクトルを返す。全ての引数は返り値の型に型変換される。その際、namesを除く全ての属性(attribut...
R言語[R] パッケージとは
RのパッケージとはRに機能を追加するアドオンのことである。 Rのパッケージには２種類ある。 base packages : Rが起動時に自動で読み込むパッケージ contributed packages ：ユーザーが使...
{base}[R]{base} getOption() : Rのグローバルオプションの設定値を取得する関数
説明 getOption()はRが計算処理を実行しその結果を出力する方法を変更するグローバルオプションの値を設定したり取得する関数である。 使用法 getOption(x, default = NULL) 引数 x : オプション...
{survival}[R]{survival}cluster() : 生存時間分析のモデル式の右辺の中でクラスター（相互関連する観察データのグループ）を指定する関数
説明 cluster()は生存時間分析の文脈で、モデル式の右辺の中でクラスター（＝相互関連する観察データのグループ）を指定する関数である。モデル式中でcluster()を使用することは、頑健サンドイッチ分散推定（robust sandwi...
{base}[R]{stats}duplicated() : ベクトル内の重複要素やデータフレーム内の重複行を検出する関数
説明 duplicated()はベクトルやデータフレームの要素を先頭から順に調査していき、重複する要素に対してはTRUE、重複していない要素にはFALSEを返す関数である。 anyDuplicated()はany(duplicate...
{stats}[R]{stats}rbinom() : 二項分布に基づく乱数生成を行う関数
説明 rbinom()は二項分布に基づく乱数生成(random generation)を行う関数である。 使用法 rbinom(n, size, prob) 引数 n : 生成する乱数の数 size ：試行回数（ゼロ回以上）pr...
{stats}[R]{stats}rnorm() : 正規分布に基づく乱数生成を行う関数
説明 正規分布に基づくランダム偏差(random deviate)を指定した数だけ生成する(random generation)。 使用法 rnorm(n, mean = 0, sd = 1) 引数 n ： 生成するランダム偏差の...
{stats}[R]{stats}influence.measures() : 外れ値削除法による回帰診断を実行する関数
説明 influence.measures()は、線形回帰分析モデルおよび一般化線形回帰分析モデルに対して、外れ値削除法による回帰診断を実行する関数である。Belsley, Kuh and Welsch (1980), Cook and ...
RStudio[R] RStudioでヘルプのフォントサイズを変更する方法
RStudioではヘルプペインにヘルプが表示されるが、このフォントが小さく非常に読みにくい。ヘルプの文字を拡大する方法を調べてみたが、どうやらヘルプペインのフォントだけを変更する方法はない（2014年に既に開発者に問いかけがなされているが、...
{survival}[R]{survival}tmerge() : time varying covariateを含むデータセットを作る関数
説明 tmerge()はtime-dependent variableを含むデータセットを作る関数である。 使用法 tmerge(data1, data2, id, ..., tstart, tstop, options) 引数 ...
{ROCR}[R]{ROCR}チュートリアル
{ROCR}はRでROC分析を行うためのパッケージである。 作者のホームページからパッケージ本体および使用法の説明文書などダウンロード可能である。 使用法 以下３つのコマンドを順番に実行するだけと極めてシンプルである。 # (1) ...
{base}[R]{base}seq() : 数列を作る関数
説明 通常の数列(regular sequences)を作る。 seq()はデフォルトメソッドを持つ標準ジェネリック関数である。 seq.int()はプリミティブ関数である（非常に高速だが制約がある）。 seq_along()とse...