{aod} [R]{aod}wald.test() : モデル係数に対するWald検定を実行する関数
説明１つあるいは複数のモデル係数に対して、モデルの分散共分散行列に基づいて、Waldχ二乗検定(Wald chi-squared test)を実行する。構文wald.test(Sigma, b, Terms = NULL, L = NULL...
R辞典
{aod} {cmprsk} [R]{cmprsk}crr() : 競合リスク存在下の生存時間分析（多変量）を実行する関数
構文crr(生存時間のベクトル, 競合イベントのベクトル, デザインマトリックス, cencode=0, failcode=1)引数cencodeに打ち切りに相当するコードを指定する。failcodeにて関心あるイベントに相当するコードを指...
{cmprsk} [R]factor2ind() : 因子型変数をダミー変数に変換する関数
説明factor2ind()はL Scrucca氏の作成した関数である。氏のサイトから入手できる。多変量分析では複数の水準を持つ因子型変数はダミー変数に変換して処理する必要がある。factor2ind()関数は因子型変数を複数のダミー変数の...
{base} [R]base::I()：オブジェクトのデフォルトの解釈/型変換を抑止する関数
説明オブジェクトのクラスを、そのオブジェクトが'as is'で取り扱われるように変更する。Rではあるオブジェクトが文脈によって解釈される／型変換されるデフォルトの処理方法が決まっている。特別な状況ではこのデフォルトの振る舞いを抑止したいこと...
{base} [R] {base} ifelse() : 条件式（論理式）の判定結果に基づく値を返す関数
説明ある論理式の判定結果に基づき返り値を返す。論理式の判定結果がTRUEであれば引数yesの要素を、FALSEであれば引数falseの要素を返す。使用法ifelse(test, yes, no)引数test：論理値に変換可能なオブジェクトy...
{base} [R]base::tapply() : ラジッド配列の各要素に指定した関数を適用する関数
説明ラジッド配列の各セルに指定した関数を適用する関数である。一般的にラジッド配列(ragged array)と言えば、行ごとに要素数の異なる配列(row-ragged)や列ごとに要素数の異なる配列(column-ragged)などを指すが、...
{cmprsk} [R]{cmprsk} CumIncidence() : 累積発生曲線のあてはめを行うラッパー関数
説明競合リスクイベントのある生存時間分析を実施する。具体的には３つの機能を持つ。(1) 群間の累積発生関数(Cumulative Incidence Function ; CIF)の同等性の比較検定(=Gray's test)(2) 推定さ...
{base} [R]{base} file.choose() : GUIでファイルを選択する（ファイルパスを取得する）関数
説明GUIでファイル（読み込むデータファイルなど）を選択する使用法file.choose(new = FALSE)引数new : 論理値。ダイアログボックスのスタイルを指定する。現時点ではnew=FALSEのみ使用されている（従って指定する...
{base} [R]{base} pmin(),pmax() : 複数のベクトルの第n番目の要素を比較し最小/最大値をベクトルとして返す関数
説明base::pmin(),pmax()は、複数のベクトルを引数として取り、それらのベクトルの第n番目の要素の大小を比較し、最小/最大の値をベクトルとして返す関数である使用法(通常)# ...は数値型あるいは文字型ベクトル、na.rmは欠...
{survival} [R] 生存曲線のX軸（時間軸）の尺度を週、月、年単位などに変更する方法
背景のsurvival::plot.survfit()関数を使用して生存曲線を描画すると、デフォルトではX軸（時間軸）の単位はデータベースの単位となる。例えば日単位でデータベースを作っていれば、カプランマイヤー曲線のX軸も日単位ということで...
{psych} [R]{psych} lowerCor() : データフレームを受けて相関係数の下三角行列を返す関数
説明データフレームを受けて相関係数の下三角行列を返す関数使用法lowerCor(x,digits=2,use="pairwise",method="pearson")引数x : データフレームdigitis: 相関係数の丸め桁数use : ...
{stats} [R]{stats} prop.test() : 比率の差の検定を行う関数
説明prop.test()は比率の差の検定を行う関数である。検定する帰無仮説は以下のいずれかである。帰無仮説(1) : 複数の群間で比率(=成功率)に差はない帰無仮説(2) : 複数の群の比率(=成功率)は一定の値に等しい使用法prop.t...
{stats} [R]{stats} aov() : 分散分析モデルをあてはめる関数
説明分散分析モデルをあてはめる関数である。内部的には各層に対してlm()を呼び出している。使用法aov(formula, data = NULL, projections = FALSE, qr = TRUE,contrasts = NUL...
{stats} [R]{stats} cor.test() : 相関係数の検定＝無相関検定を行う関数
説明対応のあるサンプルの連関/相関を検定する。使用法## Default S3 method:cor.test(x, y, alternative = c("two.sided", "less", "greater"), method = ...
{stats} [R]{stats} power.t.test() : 1群または2群のt検定のパワー計算をする関数
説明power.t.test()は1群または2群のt検定の検定力を計算する、あるいは指定した検定力を得るために必要なパラメータを計算する関数。α、検定力、効果量、標本数の４つのうち３つを指定すると残りの１つを出力する関数である。2群の場合、...
{psych} [R]{psych} read.clipboard() : クリップボード内のデータをRのデータフレームとして読み込む関数
説明read.clipboard()はクリップボード内のデータをRに読み込む関数である。返り値としてデータフレームを返すのでこれをRの変数として受け取って使用する。read.clipboard()には一群の関数がある。read.clipbo...
{psych} [R]{psych} lowerCor() : 相関行列を下三角行列として出力する関数
説明lowerCor()は指定した方法で相関係数を計算し、指定した桁数で下三角行列として相関行列をする関数である。使用法lowerCor(x,digits=2,use="pairwise",method="pearson")引数x : デー...
{psych} [R]{psych} headTail() : head()とtail()を同時に呼び出す関数
説明headTail()はutils::head()とutils::tail()を同時に呼び出す関数である。つまりデータフレーム、行列、あるいはテキストオブジェクトの最初と最後のn行を出力する。使用法headTail(x,hlength=4...
{psych} [R]{psych} scoreItems() : 項目合成尺度のスコアの計算などを行う
説明項目合成尺度のスコアおよびクロンバックα、グットマンλ6、項目-全体相関係数(item-whole-correlations)を計算する。n個の項目に対するk個のキー(-1, 0, 1)を含む行列あるいはデータフレームと、N人✕m個の項...
{utils} [R]{utils} help() : Rの組み込みヘルプを表示する関数
説明utils::help()はRのヘルプシステムのための基本となるインターフェースである。使用法（通常）help("知りたいRの用語")知りたいRの用語は引用符("または')で囲む必要のあるものとないものがある。囲む必要のあるものを囲まな...
{psych} [R]{psych} omega() : 内的整合性信頼性の指標であるω係数などを出力する関数
説明一般および合計因子飽和度(general and total factor saturation)に関するマクドナルドのオメガ(McDonald's omega)推定値を計算する関数である。マクドナルドは検査の一般因子飽和度の推定量とし...
Rデバッグ [R] formal argument “xxx” matched by multiple actual argumentsというエラーの原因と対策
Rで関数を実行すると以下のようなエラーメッセージが表示され実行に失敗することがある。formal argument "xxx" matched by multiple actual argumentsxxxのところに入るのはその時々に呼び出...
{lavaan} [R]{lavaan} gwoth() : 成長曲線モデルのあてはめを行う関数
説明lavaan::growth()は成長曲線モデルのあてはめを行う関数である。lavaan()の成長曲線に特化したラッパー関数である。使用法# ミニマムfit <- growth(model = "成長曲線モデルのモデル式", data ...
Rデバッグ [R]{lavaan} lavaan WARNING: model has NOT converged! という警告の原因と対策
lavaanでモデル フィッティングを実行すると、lavaan WARNING: model has NOT converged!という警告メッセージがでることがある。これは解が識別できないこと（解の識別不能）を意味する。解が識別不能になる...
{utils} [R]{utils} download.file() : インターネットからファイルをダウンロードする関数
説明download.file()はインターネットからファイルをダウンロードする関数である。使用法download.file("ダンロードしたいファイルのURL", "ローカルに保存する際のファイル名")download.file(url,...
{semPlot} [R]{semPlot} semPaths() : SEMモデルのパス図を描画する関数
説明SEMモデル（あるいは一般線形モデル)に対するパス図を生成する(ggraphを使用してプロットされる)。多数のSEMプログラムおよびパッケージをサポートしている。サポートされているパッケージおよび各パッケージで何がサポートされているかの...
{semTools} [R]{semTools} moreFitIndices() : {lavaan}では計算されないその他の適合度指標を計算する関数
説明lavaan()の実行結果に対する適合度指標はsummary()関数にfit.measures=TRUEという引数を指定することで表示できる。semTools::moreFitIndicies()は{lavaan}パッケージ単体では出力...
Rデバッグ [R]{lavaan} cfa() : covariance matrix of latent variables is not positive definiteという警告の原因と対策
cfa()を実行すると以下の警告メッセージが出力されることがある。Warning message:In lav_object_post_check(lavobject) :lavaan WARNING: covariance matrix ...
{graphics} [R]{graphics} pairs() : 散布図行列を描画する関数
説明散布図行列を描画する使用法# (1) 引数にデータフレームを渡す場合pairs(x, ...)# (2) 引数にformulaオブジェクトを渡す場合(S3 method for class 'formula')pairs(formula...
{stats} [R]{stats} cor() : 相関係数を計算する関数
説明cor()は相関係数を計算する関数である。x,yがともにベクトルの時はxとyの相関係数を計算する。xとyが行列の時は、xの列とyの列の相関係数を計算する。使用法cor(x, y = NULL, use = "everything", m...
{base} [R]{base}rep() : ベクトルあるいはリストの要素を繰り返す関数
説明base::rep()はベクトルあるいはリストの要素を繰り返す(＝複製を作成する)関数である。ジェネリック関数(generic function)である。内的なデフォルトメソッドを以下に解説する。使用法(通常)# 指定した要素xをtim...
{base} [R]{base} row.names() : データフレームの列名を(文字型ベクトルとして)取得または設定する関数
説明全てのデータフレームには必ず行名属性(row names attribute)が存在する。行名属性は（長さ＝データフレームの行数）の文字ベクトルであり、値の重複や欠損は存在しない。便宜上、row.names()はジェネリック関数となって...
{lavaan} [R]{lavaan} inspect() : あてはめたlavaanオブジェクトから情報(見たい情報のみを)を抽出する
DescriptionlavInspect() および lavTech() 関数はあてはめられたlavaanオブジェクトから指定した情報を抽出する関数である。注意：古いS4のinspect()メソッド は現在は、デフォルトの引数指定付きの ...
{semTools} [R]{semTools} measurementInvariance() : 多母集団の確認的因子分析においてモデルの測定の不変性を検定する
説明典型的なモデル比較のための検定を使用して、グループ間の測定の不変性(measurement invariance)を検定する。使用法measurementInvariance(モデル式, data=データフレーム, group="グルー...
{psych} [R] {psych} fa.parallel() : 実データとランダム平行行列のスクリープロットを描画する関数
説明fa.parallel()は実データ行列（ないしその相関行列）とランダム平行行列のスクリープロットを対比的に描画する関数である。成分ないし因子数を決定する方法の１つとして、連続する固有値に対するスクリープロット(scree plot)を...
{psych} [R]{psych} fa() : 探索的因子分析を行う
説明探索的因子分析(Exploratory Factor analysis;EFA)を実行する。MinRes (minimum residual)法 、Principal Axis法, Weighted Least Squares法、Max...
{psych} [R]{psych} bfi : 組み込みデータセット
{psych}にはbfiという組み込みデータセットが含まれている。bfiはInternational Personality Item Pool (ipip.ori.org)から取られた25の自己回答式性格評価項目、2800人分のデータであ...
{base} [R]{base} matrix() : マトリックスオブジェクトを生成する
説明matrix()は与えられた値の集合からマトリックス（行列）オブジェクトをを生成する使用法matrix(data = NA, nrow = 1, ncol = 1, byrow = FALSE, dimnames = NULL)引数da...
R言語 [R] モデルフィッティング関数、モデリング関数
同義語モデルフィッティング関数 (model fitting function)、モデリング関数(modeling function)定義データに対して統計モデルをあてはめる（あてはめるとは母数を推定すること意味する）関数。統計解析の様々な...
{stats} [R]{stats} coef() : モデルオブジェクトから係数を抽出するジェネリック関数
説明coef()はモデリング関数の返すオブジェクトからモデルの係数情報のみを抽出するジェネリック関数である。coefficient()はcoef()のエイリアス（別名）である。使用法coef(object, ...)coefficients...
{lavaan} [R]{lavaan} lavaanの組み込みデータセット
{lavaan}には組み込みデータ・セットして、HolzingerSwineford1939、PoliticalDemocracy、Demo.growthなどが用意されている。それぞれデータセットの内容についての説明を読むためには以下のスク...
{base} [R] {base} set.seed() : 乱数の種を設定する関数。シミュレーション研究の必須設定。
説明set.seed()は乱数の種を設定する関数である（Rではこの関数の使用が推奨されている）。シミュレーション研究では乱数生成前に必ずこの指定が必要である（指定しておかないと結果を再現できなくなるため）。使用法（通常）set.seed(s...
{stats} [R] {stats} cov() : 分散共分散行列を計算する関数
説明stats::cov()は分散共分散行列を計算する関数であるvar()、cov()、cor()、cov2cor()は１つのファミリーとみなすことができる。使用法（通常）(1) 数値型のマトリックスを引数として、マトリックスの全変数の組み...
{stats} [R] {stats} cov2cor() : 分散共分散行列を相関行列に変換する関数
説明stats::cov2cor() は分散共分散行列を相関行列に変換する関数である。相関行列を計算する場合、生データがあればcor()を生データに対して直接使用すればよい。生データがないが、分散共分散行列のみがある場合、cov2cor()...
{survival} [R] {survival} number at risk テーブル付きのキャプランマイヤー曲線を描く方法
Rでは、{survival}パッケージのsurvfit()関数を使用して作成したモデル オブジェクトを引数としてplot()関数を実行することでキャプランマイヤー曲線を描画することができる。しかしながらこの方法では論文でよく見る numbe...
{stats} [R] {stats} t.test() : １標本あるいは２標本のt検定を行う
説明ベクトル型データを対象として１標本あるいは２標本のt検定を行う。使用法（通常）t.test(平均を比較したい変数 ~ グループ化変数, data = データフレーム)引数formula左辺 ~ 右辺という形式で記述される式。左辺は検定の...
{datasets} [R] {datasets} sleep
説明sleepは２つの睡眠薬の効果（コントロール群に対する睡眠時間の延長分）を示すデータである。データ形式3変数、20オブザベーションからなるデータフレームである。 睡眠時間の延長量(時間） 投与された薬物（要因） 患者ID（要因）
{base} [R]{base} subset() : ベクトル、マトリックス、データフレームから一部を選択抽出する(ジェネリック関数)
説明ベクトル、マトリックス(行列)、データフレームから指定した条件を満たす一部（サブセット）を返すジェネリック関数である。大きく一次元のデータであるベクトルに対するsubset()と二次元のデータである行列、データフレームに対するsubse...
R言語 [R] Rにおけるオブジェクトとは何か？
Rではコンピュータのメモリに直接アクセスすることができない。従って間接的にメモリ上のデータを読み書きする何らかの仕組みが必要となる。この間接的にメモリ上のデータの読み書きを行うためのR言語独自の仕組み（インターフェース）を、Rでは"オブジェ...
R言語 [R] NA, NaN, NULL
NULL, NaN, NAこの３つの予約語はいずれも非存在（不在、欠損）を表すRの予約語である。紛らわしいがRでは違う意味を持っており使い分けられる。予約語意味NANot Availableの略。欠損値を表す。データファイルなどを読みこんだ...