{ROCR}[R]{ROCR}チュートリアル
{ROCR}はRでROC分析を行うためのパッケージである。 作者のホームページからパッケージ本体および使用法の説明文書などダウンロード可能である。 使用法 以下３つのコマンドを順番に実行するだけと極めてシンプルである。 # (1) ...
{ROCR}{base}[R]{base}seq() : 数列を作る関数
説明 通常の数列(regular sequences)を作る。 seq()はデフォルトメソッドを持つ標準ジェネリック関数である。 seq.int()はプリミティブ関数である（非常に高速だが制約がある）。 seq_along()とse...
生存時間分析post-randomization covariate
定義 post-randomization covariateとは、ランダム化の後で測定された共変量のことである。 post-randomization covariateと対になるのは、ランダム化以前に測定された／存在していた共変...
{aod}[R]{aod}wald.test() : モデル係数に対するWald検定を実行する関数
説明 １つあるいは複数のモデル係数に対して、モデルの分散共分散行列に基づいて、Waldχ二乗検定(Wald chi-squared test)を実行する。 構文 wald.test(Sigma, b, Terms = NULL, L ...
{cmprsk}[R]{cmprsk}crr() : 競合リスク存在下の生存時間分析（多変量）を実行する関数
構文 crr(生存時間のベクトル, 競合イベントのベクトル, デザインマトリックス, cencode=0, failcode=1) 引数 cencodeに打ち切りに相当するコードを指定する。 failcodeにて関心あるイベント...
重回帰分析デザインマトリックス (design matrix)
同義語 regressor matrix（リグレッサーマトリックス）, model matrix（モデルマトリックス） 定義 デザインマトリックスとは、説明変数をまとめたマトリックス（行列）のことである。しばしばXと表記される。 ...
{cmprsk}[R]factor2ind() : 因子型変数をダミー変数に変換する関数
説明 factor2ind()はL Scrucca氏の作成した関数である。氏のサイトから入手できる。 多変量分析では複数の水準を持つ因子型変数はダミー変数に変換して処理する必要がある。factor2ind()関数は因子型変数を複数の...
{base}[R]base::I()：オブジェクトのデフォルトの解釈/型変換を抑止する関数
説明 オブジェクトのクラスを、そのオブジェクトが'as is'で取り扱われるように変更する。 Rではあるオブジェクトが文脈によって解釈される／型変換されるデフォルトの処理方法が決まっている。特別な状況ではこのデフォルトの振る舞いを抑...
{base}[R] {base} ifelse() : 条件式（論理式）の判定結果に基づく値を返す関数
説明 ある論理式の判定結果に基づき返り値を返す。 論理式の判定結果がTRUEであれば引数yesの要素を、FALSEであれば引数falseの要素を返す。 使用法 ifelse(test, yes, no) 引数 test：論理値に...
重回帰分析尤度(likelihood)
定義 尤度（正確には、あるデータのあるモデルに対する尤度）とは、モデルのあてはまりの良さ(goodness of fit)（正確には、あるデータに対するあるモデルのあてはまりの良さ）を定量的に示す数値のことである。 尤度とoverfit...
重回帰分析baseline codification
定義 複数の水準を持つ因子型変数を説明変数として持つ統計モデルを多変量解析で扱うためには、その因子型変数をダミー変数に変換する必要がある。baseline codificationはダミー変数に変換する方法の１つであり、最もよく使用される...
モデル選択BIC(Bayesian information criteria)
定義 BIC = -2l +log(n)d (l: ログ尤度の最大値、n:オブザベーション数、 d：推定される自由パラメータの数） AICよりもBICの方が、パラメータ数の数に対して強いペナルティを課している。 数学的には、...
{base}[R]base::tapply() : ラジッド配列の各要素に指定した関数を適用する関数
説明 ラジッド配列の各セルに指定した関数を適用する関数である。 一般的にラジッド配列(ragged array)と言えば、行ごとに要素数の異なる配列(row-ragged)や列ごとに要素数の異なる配列(column-ragged)な...
{cmprsk}[R]{cmprsk} CumIncidence() : 累積発生曲線のあてはめを行うラッパー関数
説明 競合リスクイベントのある生存時間分析を実施する。具体的には３つの機能を持つ。 (1) 群間の累積発生関数(Cumulative Incidence Function ; CIF)の同等性の比較検定(=Gray's test) ...
{base}[R]{base} file.choose() : GUIでファイルを選択する（ファイルパスを取得する）関数
説明 GUIでファイル（読み込むデータファイルなど）を選択する 使用法 file.choose(new = FALSE) 引数 new : 論理値。ダイアログボックスのスタイルを指定する。現時点ではnew=FALSEのみ使...
生存時間分析競合リスクイベント (competing risk event)
定義 競合リスクイベント(competing risk event)とは、生存時間分析のイベント（＝アウトカム、failure）の中で、排他的な複数の原因(causes of failure)を持ちうるイベントのことのである。 競合...
{base}[R]{base} pmin(),pmax() : 複数のベクトルの第n番目の要素を比較し最小/最大値をベクトルとして返す関数
説明 base::pmin(),pmax()は、複数のベクトルを引数として取り、それらのベクトルの第n番目の要素の大小を比較し、最小/最大の値をベクトルとして返す関数である 使用法(通常) # ...は数値型あるいは文字型ベクトル、n...
生存時間分析Conditional Landmark Analysis
同義語 ランドマーク分析、条件付きランドマーク分析 定義 Conditional Landmark Analysisは、guarantee-time bias (GTB)を取り除くために用いられる統計手法の１つである。 Cond...
生存時間分析guarantee-time bias (GTB)
同義語 immortal time bias, survivor treatment selection bias, survivor bias 定義 guarantee-time bias (GTB)とは、生存時間解析において、群間...
医学論文&UTDClinical outcomes of elderly patients treated for oral cavity squamous cell carcinoma
抄読会のために読んだ、Clinical outcomes of elderly patients treated for oral cavity squamous cell carcinomaのまとめメモである。 要約 目的 口腔...
3次予防(治療)Head and Neck Charlson Comorbidity Index (HN-CCI)
定義 Head and Neck Charlson Comorbidity Index (HN-CCI)はBojeら(2014)が示した、頭頸部がん患者の生存予後を合併症から予測するための指標である。以下６つの合併症の有無を評価する。 ...
3次予防(治療)頭頸部がんの病理学的危険因子
頭頸部がんの病理学的危険因子（ミクロ所見）として以下のようなものがある。 日本語 英語 略語 意味 断端陽性 positive surgical margin 手術で摘出した検体の端にがん細胞が存在して...
医学論文&UTD前立腺癌放射線治療後のPSA再発の判定基準がPhoenix基準になった論文
文献 要約 目的: 放射線治療後(外照射および小線源、それぞれホルモン治療併用ありなしの場合を含む）にPSAバウンスが起きた際に、PSA再発を判定する９つの基準がそれぞれでどの程度の偽診断率(falce call rate)であるか...
医学備忘録皮膚転移に対する外用薬治療（処方例）
皮膚転移に対する外用薬治療の処方例を『チャレンジ! 在宅がん緩和ケア (在宅医療の技とこころ)』から抜粋する。 臭気対策 Rp1) 0.8%メトロニダゾール軟膏(100g中) メトロニダゾール 0.8g マクロゴール# 400 20...
医学備忘録テント上、テント下とは
定義 テント上＝大脳 テント下＝小脳＋脳幹 テント（＝小脳テント）＝大脳と小脳の間に存在する厚い硬膜のこと。 参考
医学備忘録短腸症候群の治療
UpToDate "Treatment of small intestinal bacterial overgrowth "（小腸バクテリア過剰増殖に対する治療）を参考に短腸症候群の治療法をまとめた。 病態 小腸バクテリア過剰増...
医学備忘録放射線治療専門医試験の過去問(2010-2014)
2010年度 4 放射線荷重係数(ICRP 2007) X線、γ線は1 陽子線は5 α線は20 電子線ではエネルギーによらず一定 5 ペースメーカー 治療前にペースメーカーの機能チェックが必要 ...
医学備忘録癌のいろは(食道癌)
日経メディカルの公開している癌のいろはシリーズより食道がんの記事のまとめを作成した。 標準治療 欧米では術前化学療法 or 術前化学放射線治療が標準治療である。 世界的には切除可能食道がんに対しては、術前化学療法or術前化...
3次予防(治療)『ペースメーカーおよび埋め込み型除細動器装着患者に対する放射線治療ガイド ライン』(JASTRO)の要点
ペースメーカーや埋め込み型除細動器を装着している患者さんに対する放射線治療では注意が必要である。 この問題に対してはJASTROが『ペースメーカーおよび埋め込み型除細動器装着患者に対する放射線治療ガイド ライン』というガイドラインを公...
医学論文&UTD脳MRIの造影機序（特に転移性脳腫瘍の造影機序）
脳MRIにおける造影効果をもたらす機序について、また脳MRIで造影効果を示す疾患は多岐に渡るが特に転移性脳腫瘍について、からポイントをまとめる。 脳MRIにおける造影の機序について 一般にMRI T1WIにてGd造影効果が生じるためには...
モデル選択モデルのあてはまりのよさ(goodness of fit)
定義 モデルのあてはまりの良さとは、実際のデータに対して、理論的仮説である統計モデルがどの程度あてはまっているかを示す概念である。 複数の定量的指標が定義されている。代表的なものを以下に挙げる。 goodness of fit...
観察的研究validation：心理尺度における
定義 心理尺度に対するvalidationとは、その心理尺度が妥当性や信頼性など、統計学的に望ましい性質を満たしていることを検証する作業のことである。 関連 ad hoc：心理尺度がad hocと呼ばれる場合、その尺度は妥当性や信頼性...
ApachePHPアクセラレーターの使い分け(APC、APCu、OPcache)
PHPアクセラレーターとはPHPを高速化するための拡張機能（プラグインのようなもの）である。 代表的なものにAPC、APCu、OPcacheなどがある。これらは対応するPHPのバージョンと機能が異なる。ポイントを表にして整理した。 ...
ApacheWindows版XAMPPでphpの動作をモジュール版からCGI版に切り替える方法
Windows版XAMPPでphpの動作をモジュール版からCGI版に切り替えるには、以下２つの設定ファイルを修正すればよい。Xampp 5.6.30で動作確認した。 (1) httpd.conf 以下１行をアンコメントする（行頭から#を...
ApachePHPのスレッドセーフ版(TS)とノンスレッドセーフ版(NTS)の違い
PHPのスレッドセーフ版(TS)とノンスレッドセーフ版(NTS)の違いを理解するには、(1)Webサーバーが同時に複数のHTTPリクエストを処理する方法、(2)Webサーバーがphpと通信する方法、の２つを理解することが必要である。 ...
倫理原則ジョンセンの四分割表
定義 ジョンセンの四分割表とは、Jonsenらが提示がした、倫理的問題を整理し解決するためのチェックシートである。（以下は入門・医療倫理I 〔改訂版〕p.76の表を改変して引用したもの。） 医学的適用(Medical Ind...
倫理原則決疑論(casuistry)
同義語 カズイストリ 定義 決疑論(casuistry)とは、倫理的問題に回答を導く指針を、「倫理理論」や「倫理原則」にではなく、具体的な「ケース（事例そのもの）」に求める立場のことである。 決疑論においては、具体的には以下の３...
倫理原則アンソロジー症候群
定義 アンソロジー症候群とは、医療倫理学のアンソロジーに見られる、様々な倫理理論を提示し、読者に都合のよいものを選べ言っているに過ぎない傾向（を批判的に揶揄った言葉）である。医療倫理学者のガート(Gert)らの言葉である。 参考 入門...
倫理原則生命至上主義(vitalism)
定義 生命至上主義(vitalism)とは、人間の生命を絶対的な価値とみなす生命倫理学上の立場である。 生命至上主義においては、人間の生命は、理由や状況のいかんを問わず、常に可能な限り維持することが善であり、それを短縮させたり奪うこ...
WordPress本体PHPのMySQL接続用APIの使い分け（php_mysql.dll、php_mysqli.dll、php_pdo_mysql.dllの違い）
PHP にはMySQL 接続用の API が３種類ある。即ち、mysql、mysqli、PDOである。 これらの使い分けについてはPHP公式サイトに説明がある。 mysqli か PDO_MySQL のどちらかを使うことをおすすめし...
生殖医療ホストマザー（体外授精型代理母）
定義 ホストマザー（体外授精型代理母）依頼夫婦の体外受精卵を、着床させ代理出産する女性のこと。いわゆる「借り腹」である。1980年代から実用化された。 この場合、遺伝子的には生まれてくる子供は依頼者夫婦の完全なる子供である。（遺伝的...
生殖医療サロゲートマザー（人工授精型代理母）
定義 サロゲート・マザーとは、排卵期に、依頼者の男性の精子を人工授精によって子宮にいれて、代理出産する女性のことである。1960年代から実用化された。 この場合、遺伝的には、生まれてくる子供は夫と出産した代理母の子供である。 ...
生殖医療新型着床前診断（着床前遺伝子スクリーニング：PGS）
同義語 新型着床前診断、着床前遺伝子スクリーニング（PGS) 定義 新型着床前診断とは、従来の着床前診断より高い精度で異常を検出可能できる新しい検査のことである。 実際には「着床前遺伝子スクリーニング（PGS)」と呼ばれる検査の...
生殖医療出生前診断（胎児診断）
定義 出生前診断（胎児診断）とは、出生前の胎児の疾患を調べる技術である。 出生前診断には以下のような意義があると考えられている。 ・胎児の病気を早期発見して胎児期に治療（胎内治療）を行う ・高度医療機関で分娩できるように...
生殖医療選択的シングルマザー(Single Mother by Choice : SMC)
同義語 計画的シングルマザー、非婚シングルマザー 定義 選択的シングルマザーとは自分の意志でパートナーを持たずに子供をもつ女性のこと。 この人々が生殖補助技術(Assisted Reproductive Technology :...
医学論文&UTD[UTD] 放射線肺臓炎の治療
治療方針 症状のある亜急性発症の有放射線肺臓炎にはステロイド治療が行われることが一般的である。 ステロイド、抗生剤、ヘパリン投与による放射線肺臓炎の予防効果は示されたことがない。 過去の照射により肺線維化を起こした患者に対するステロイ...
生殖医療卵子老化
定義 卵子老化とは、女性の加齢とともに、その女性の卵子も老化していく現象のことである。 女性の卵子は、その女性の胎児期に既に作られており、出生後に増えることがない（つまり精子と違って卵子は出生後にあ新たに造られることがない）。従って...
生殖医療ドナーによる人工授精 (Artificial Insemination by Donor : AID)
同義語 AID (Artificial Insemination by Donor)、DI (Donor Insemination) ドナーによる人工授精、非配偶者間人工授精 定義 ドナーによる人工授精とは、ドナー（要するに夫以...
がんの生物学放射線生物学におけるサイトカインの分類
Schaueらは放射線生物学におけるサイトカインの分類を提唱していている(Schaue 2012)。 抗炎症促進性(pro-inflammatory) : IL-1α, IL-1β, IL-17など 抗炎症性(anti-infl...
疫学指標(検査・診断)AUC (Area Under the ROC Curve)
定義 AUC (Area Under the ROC Curve)は、分類システムの性能を評価する単一の尺度である。 AUC 0.5は単にランダムな分類（全く役に立たない分類）を意味し、1.0は完全な分類システムであることを意味する...