WindowsにはOSとして「32ビット版」と「64ビット版」がある。
これに対応してアプリにも「32ビット版」と「64ビット版」がある。
「x86 パッケージ」が32 ビット版用、「x64 パッケージ」が64 ビット版用である。
32ビット版のアプリは64ビットOS上で動作するが、64ビット版アプリは32ビット版OS上では動作しない。
アプリによっては32ビット版と64ビット版で完全に同じ機能が実装されていないこともよくある。
アプリをインストーラーを探してx86とx64の2つが用意されていたら上記を参考に自分の環境に適したものを選べば良い。
2016年現在、最近のパソコンは通常は64ビット版のはずである。だから原則としてアプリも64ビット版(x64)を選ぶことにして、64ビット版の機能が未熟な場合には安定性重視で32ビット版を選ぶという方針でOKである。